政府采购中，付款以财政支付为准是合法的，但需严格遵循相关法律法规和合同约定。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、法律合规性角度

1. 法律依据：政府采购活动必须严格遵守《政府采购法》及相关财政资金支付管理办法。这些法律法规明确了政府采购支付的方式、程序和要求，为财政支付提供了法律基础。
2. 财政支付方式：政府采购支付方式包括财政直接支付和财政授权支付。财政直接支付是指财政部门直接将政府采购资金支付给中标供应商；财政授权支付则是指财政部门授权采购人在核定额度内自行开具支付令支付供应商。这两种方式均符合法律法规要求，确保了资金使用的合法性和规范性。

二、合同约定角度

1. 合同条款：在政府采购合同中，应明确约定付款方式、付款时间和付款条件。如果合同中约定以财政支付为准，那么采购方按照财政支付流程进行付款即符合合同约定。
2. 合同履行：采购方应严格按照合同约定的付款方式和时间进行付款。如果因财政支付流程导致付款延迟，采购方应及时与供应商沟通，说明情况，并尽力协调解决，以避免给供应商带来不必要的经济负担。

三、实际操作角度

1. 支付流程：在实际操作中，采购方需按照财政支付流程提交支付申请，经财政部门审核后通过国库单一账户体系拨付资金。这一流程确保了资金使用的透明性和可追溯性。
2. 风险防控：采购方在付款过程中应加强对供应商信用状况和履约能力的评估，以降低支付风险。同时，应建立健全的财务核算和监督管理制度，确保支付款项与合同约定相符，防止资金挪用、浪费和腐败。

四、特殊注意事项

1. 保密性：在涉及敏感信息或商业机密的政府采购项目中，采购方应采取必要的保密措施，确保付款信息的安全。
2. 电子化支付：随着电子化支付方式的普及，采购方应积极推广和使用电子化支付方式，提高支付效率和安全性。

五、法律后果

如果采购方未按照法律法规和合同约定进行付款，可能面临以下法律后果：

1. 违约责任：采购方可能因未按时付款而承担违约责任，包括支付违约金、赔偿损失等。
2. 行政处罚：如果采购方的付款行为违反了相关法律法规，可能面临财政部门的行政处罚，如罚款、警告等。
3. 信誉损失：不规范的付款行为可能损害采购方的信誉，影响其未来的政府采购活动。