结论：对于非法采矿罪情节严重但已全部退赃且为初犯的情况，是否可以不起诉并非绝对，需结合具体情节、退赃情况、社会危害程度及司法机关的裁量权综合判断。以下从法律背景、可能影响不起诉的因素及建议三个角度展开分析：
一、法律背景
根据《中华人民共和国刑法》第三百四十三条的规定，非法采矿罪的构成要件包括：
- 未取得采矿许可证擅自采矿，或擅自进入特定矿区采矿；
- 情节严重，如开采的矿产品价值或造成矿产资源破坏的价值达到一定数额（通常为5万元至10万元以上，具体标准可能因地区而异）。
对于情节严重的非法采矿行为，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。
二、可能影响不起诉的因素
退赃情况：
- 全部退赃表明犯罪嫌疑人或被告人对犯罪行为有一定的悔罪表现，愿意弥补因其犯罪行为给国家或他人造成的损失。
- 退赃情况可能作为量刑时的从轻情节考虑，但并非决定不起诉的唯一因素。
初犯情节：
- 初犯通常表明犯罪嫌疑人或被告人没有犯罪前科，社会危害性相对较小。
- 初犯情节也可能作为量刑时的从轻情节，但同样不是决定不起诉的绝对因素。
情节严重程度：
- 尽管已退赃且为初犯，但如果非法采矿行为造成的后果特别严重，如矿产资源破坏价值巨大、对生态环境造成严重破坏等，司法机关可能仍会决定起诉。
司法机关的裁量权：
- 不起诉决定通常由检察机关根据案件具体情况和法律规定作出。
- 检察机关会综合考虑犯罪嫌疑人的犯罪情节、悔罪表现、社会危害程度等因素，决定是否提起公诉。
三、建议
积极配合调查：
- 犯罪嫌疑人或被告人应积极配合司法机关的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据。
展示悔罪表现：
- 通过退赃、赔偿损失、道歉等方式展示悔罪表现，争取司法机关的从轻处理。
寻求专业法律帮助：
- 鉴于非法采矿罪的复杂性和严重性，建议犯罪嫌疑人或被告人及时咨询专业律师，了解案件的具体情况和可能的法律后果。
- 律师可以根据案件情况，为犯罪嫌疑人或被告人提供法律意见，协助其制定合适的辩护策略。
关注司法机关的裁量：
- 密切关注司法机关的裁量动态，了解案件进展情况。
- 如有可能，可以尝试与检察机关沟通，表达不起诉的意愿和理由。
最后，需要强调的是，是否不起诉并非由犯罪嫌疑人或被告人单方面决定，而是需要司法机关根据案件具体情况和法律规定进行综合判断。因此，建议犯罪嫌疑人或被告人保持冷静，积极配合调查工作，并寻求专业法律帮助以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。