结论：公司法人允许刻制的另外一套公章或合同章，在未经合法备案的情况下是不合法的，且可能引发一系列法律风险。
法律分析：
公章与合同章的唯一性：
- 公章和合同章作为公司的重要印章，具有法律效力，且应确保唯一性。这是为了维护公司行为的确定性和避免管理混乱。多个公章或合同章的存在可能导致公司对外行为的混乱，增加法律风险。
非法刻制的法律后果：
- 根据《印章治安管理办法》第五条，任何单位和个人不得非法制作、使用印章。企业法人章的刻制需到公安机关批准的刻制单位进行，并取得印章准刻证。私自刻制多个公章或合同章属于违法行为，可能面临行政处罚，如收缴非法印章、罚款等。
- 在情节严重的情况下，私自刻制多个公章或合同章还可能构成伪造公司印章罪，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或剥夺政治权利，并处罚金。
民事责任风险：
- 若公司存在多个公章或合同章，并在对外签订合同等民事活动中使用，可能引发合同效力的争议。一旦发生纠纷，难以确定哪个章是真实有效的，企业可能因此承担违约责任或其他民事责任。
实践建议：
严格遵守法律法规：
- 公司应严格遵守相关法律法规，只刻制并使用一个经过备案的公章和合同章。这是维护公司法律权益和内部管理秩序的基础。
加强印章管理：
- 公司应建立健全的印章管理制度，确保公章和合同章的安全、合规使用。包括印章的保管、使用、审批等环节都应有明确的规定和流程。
及时报备与更换：
- 若公章或合同章遗失或需要更换，公司应及时向相关机关报备并重新刻制。同时，应确保新刻制的印章经过合法备案，以避免潜在的法律风险。
特殊情况考虑：
- 在某些特殊情况下，如异地使用印章等，公司可按规定程序向有关部门申请办理相关手续，刻制备用章。但备用章同样需要进行备案，并在管理和使用上遵循严格要求，以确保其合法性和有效性。
总结：
公司法人允许刻制的另外一套公章或合同章，在未经合法备案的情况下是不合法的，且可能引发一系列法律风险。为了维护公司的法律权益和内部管理秩序，公司应严格遵守相关法律法规，只刻制并使用一个经过备案的公章和合同章。若您在公司法务方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。