结论：工程施工合同中甲方扣乙方维修质保金时，乙方是否需要开红字发票，需分情况讨论，主要取决于质保金是否实际退还及原发票的开具情况。以下为具体分析：

1. 若质保金最终退还，且原发票已全额开具

• 无需开红字发票：若甲方扣除质保金后，在质保期届满且无质量问题时将质保金全额退还乙方，且乙方已就全部工程款（含质保金）开具了增值税发票，则无需开具红字发票。此时，乙方可通过以下方式处理：
  • 开具收据：乙方收到退还的质保金时，向甲方开具收款收据，注明“退还质保金”及金额。
  • 合同约定：若合同明确约定质保金退还时不涉及发票调整，则按合同执行即可。
• 法律依据：根据《增值税暂行条例》及其实施细则，红字发票用于冲减已开具的发票金额，若质保金未实际减少乙方收入（最终退还），则无需冲减。

2. 若质保金不予退还（因质量问题扣减）

• 需开红字发票：若甲方因工程质量问题扣除部分或全部质保金，且乙方已就全部工程款开具了增值税发票，则乙方需就扣减部分开具红字发票。原因如下：
  • 收入减少：质保金被扣减导致乙方实际收入减少，需通过红字发票冲减原发票金额，避免多缴税款。
  • 税务合规：根据《国家税务总局关于红字增值税发票开具有关问题的公告》（2016年第47号），纳税人发生销售退回、开票有误等情形，应按规定开具红字发票。
• 操作流程：
  1. 乙方与甲方协商确认扣减金额及原因。
  2. 乙方通过税务系统申请开具红字发票信息表。
  3. 乙方根据信息表开具红字增值税专用发票或普通发票。

3. 若原发票未全额开具（如分阶段开票）

• 按实际扣减金额处理：若乙方未就全部工程款开具发票，而是分阶段或按比例开具，则质保金扣减部分无需单独开红字发票。乙方可在后续开票时，直接按实际应结算金额（扣除质保金后）开具发票即可。
• 示例：工程总价100万元，乙方已开票80万元，剩余20万元作为质保金。若甲方扣减5万元质保金，乙方只需在最终结算时开具15万元发票，无需对已开票的80万元进行调整。

4. 特殊情形：合同未明确约定质保金处理方式

• 协商优先：若合同未约定质保金是否退还或如何开票，双方应协商一致。若协商无果，可参考行业惯例或通过法律途径解决。
• 税务风险：无论是否退还，乙方均需确保税务处理合规，避免因发票问题被税务机关处罚。

总结建议

1. 审查合同：首先查看工程施工合同中关于质保金退还、发票开具及扣减的约定。
2. 沟通确认：与甲方明确质保金扣减原因及金额，并协商是否需要开红字发票。
3. 税务合规：根据实际扣减情况及原发票开具情况，按税务规定处理，避免多缴或少缴税款。

如有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询，我会结合您的合同条款及实际情况提供详细解答。