行政机关调取证据时企业不配合的，行政机关可依法采取强制措施或申请法院强制执行，企业可能面临罚款、责令改正等行政处罚，甚至可能因拒不配合导致不利法律后果。具体处理方式及企业应对策略如下：

1. 行政机关的法定权力与程序
   根据《行政处罚法》《行政强制法》及相关行业法规，行政机关在调查违法行为时，有权要求企业提供与案件有关的证据材料（如合同、账簿、监控记录等）。若企业无正当理由拒绝配合，行政机关可采取以下措施：

   • 责令改正：书面要求企业限期提供证据，逾期未提供的可认定为“拒不配合调查”，直接作为行政处罚的依据。
     
   • 罚款：对拒不配合的企业，行政机关可依据《行政处罚法》第五十六条，处以警告或罚款（具体金额因行业法规而异，如《安全生产法》规定最高可罚10万元）。
     
   • 申请法院强制执行：若企业仍拒不履行，行政机关可向法院申请强制执行，法院有权查封、扣押企业相关证据材料，甚至对企业负责人采取司法拘留措施。
     

2. 企业的法律风险与应对策略

   • 风险点：
     
     • 行政处罚记录可能影响企业信用评级、招投标资格；
       
     • 若拒不配合行为被认定为“阻碍执法”，可能面临更严厉的处罚（如《治安管理处罚法》第五十条规定的拘留处罚）；
       
     • 在后续行政诉讼中，企业可能因证据缺失而承担不利后果。
       
   • 应对建议：
     
     • 核实调取证据的合法性：要求行政机关出示书面调取证据通知书，明确调取范围、目的及法律依据。若调取行为超出法定权限（如要求提供与案件无关的敏感信息），企业可拒绝并要求行政机关修正。
       
     • 及时沟通与协商：若企业因客观原因（如证据灭失、涉及商业秘密）无法提供，应书面说明情况并提出替代方案（如提供部分非敏感信息或申请延期），避免被认定为“拒不配合”。
       
     • 寻求法律救济：若行政机关处罚决定违法，企业可在收到处罚决定书之日起60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼，主张撤销处罚或减轻责任。
       

3. 特殊情形处理

   • 涉及商业秘密或个人隐私：企业可要求行政机关签订保密协议，或申请法院对证据采取保密措施（如限制查阅范围、封存证据）。
     
   • 证据已灭失或无法提供：企业应主动提供灭失证明（如系统故障记录、第三方证人证言），并配合行政机关通过其他途径调查（如询问员工、调取第三方数据）。
     

企业需注意：行政机关调取证据是履行法定职责的行为，企业无正当理由拒绝配合可能构成违法。建议企业在收到调取通知后，第一时间咨询专业律师，评估风险并制定合规应对方案，避免因程序瑕疵导致不必要的法律后果。