结论：在排除妨害案件中，父亲是可以起诉儿子的，且房产证写的是父母名字时，执行上主要依据房产的实际权属和妨害的具体情况来进行。

详细分析：

1. 起诉主体资格：

   • 在排除妨害的民事诉讼中，起诉的主体通常是认为自己的合法权益受到妨害的人。因此，如果父亲认为儿子的行为妨害了其对房产的合法使用或管理，父亲作为房产的合法所有者或使用者（根据房产证上的名字及实际权属情况），是有资格作为原告提起诉讼的。

2. 房产证与实际权属：

   • 房产证是证明房产所有权的重要法律文件。如果房产证上写的是父母的名字，那么从法律上讲，父母是该房产的合法所有者。但这并不排除父母与子女之间可能存在其他关于房产的约定或实际使用情况。在排除妨害的诉讼中，法院会综合考虑房产证、实际权属、使用情况以及妨害的具体事实来作出判决。

3. 执行问题：

   • 如果父亲胜诉，法院会判决儿子停止妨害行为，并可能要求儿子恢复原状或赔偿损失。在执行阶段，法院会根据判决内容来采取相应的执行措施。如果儿子不履行判决，法院可以采取强制执行措施，如查封、扣押、拍卖等，以确保判决得到有效执行。
   • 具体执行流程可能包括：
     • 父亲向法院申请强制执行；
     • 法院受理申请后，向儿子发出执行通知书，要求其履行判决；
     • 如果儿子不履行，法院可以采取查封、扣押等措施；
     • 在必要时，法院可以拍卖儿子的财产以履行判决；
     • 如果儿子仍不履行且构成拒不执行判决、裁定罪，父亲还可以向公安机关报案，追究儿子的刑事责任。

4. 特殊情况考虑：

   • 如果房产虽然登记在父母名下，但实际上存在家庭共有或父母与子女之间的特殊约定，那么在处理排除妨害案件时，法院会考虑这些特殊情况，并可能要求提供相关证据来证明实际权属或约定内容。

建议：

• 在提起诉讼前，父亲应收集好相关证据，如房产证、妨害行为的证据等，以支持自己的诉讼请求。
• 如果对法律程序或证据收集有疑问，父亲可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到有效维护。
• 在诉讼过程中，父亲应积极配合法院的工作，提供必要的证据和信息，以便法院能够公正、及时地作出判决。

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