针对您提出的“农民工扣款应该起诉谁”的问题，这实际上涉及到农民工工资被拖欠或不当扣款时的维权途径及对象选择。以下是我为您提供的详细解答：
首先，要明确的是，当农民工遇到工资被拖欠或不当扣款的情况时，他们有权依法进行维权。根据相关法律法规，如《保障农民工工资支付条例》和《劳动保障监察条例》等，农民工可以通过多种途径来维护自己的合法权益。
一、确定维权对象
直接雇主：
- 如果农民工是直接受雇于某个用人单位（如建筑公司、工厂等），那么当工资被拖欠或不当扣款时，首先应当考虑的是向该用人单位提出维权要求。
包工头或中间人：
- 在一些情况下，农民工可能是通过包工头或中间人与用人单位建立劳动关系的。如果包工头或中间人存在拖欠或不当扣款的行为，农民工也可以向他们提出维权要求。但需要注意的是，包工头或中间人可能并不具备独立的法人资格，因此最终的责任可能仍需由用人单位承担。
相关政府部门：
- 如果用人单位或包工头、中间人拒绝履行支付工资的义务，农民工可以向当地的人力资源社会保障行政部门或其他有关部门进行举报或投诉。这些部门有责任依法接受举报、投诉，并进行调查处理。
二、选择维权途径
向劳动保障监察机构举报或投诉：
- 农民工可以携带相关证据材料（如身份证、劳动合同、工资支付凭证等）到当地劳动保障监察机构进行举报或投诉。劳动保障行政部门将对违反劳动保障法律、法规或规章的行为进行调查，并依法处理。
向劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁：
- 如果农民工与用人单位之间存在劳动争议，且协商无果，可以向当地劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会将依法进行裁决，并保障农民工的合法权益。
向法院起诉或申请支付令：
- 在证据确凿的情况下，农民工还可以向当地人民法院提起诉讼或申请支付令。法院将依法审理案件，并作出公正判决。如果用人单位拖欠或未足额支付劳动报酬，法院还可以依法发出支付令，要求用人单位立即支付。
三、注意事项
- 在维权过程中，农民工应当保留好相关证据材料，如劳动合同、工资支付凭证、考勤记录等，以便在需要时提供证明。
- 农民工应当了解自己的合法权益和维权途径，合理选择诉求方式，避免盲目行动或采取过激行为。
- 如果农民工在维权过程中遇到困难或需要法律援助，可以向当地法律援助机构或律师寻求帮助。
综上所述，当农民工遇到工资被拖欠或不当扣款的情况时，他们应当首先确定维权对象（如直接雇主、包工头或中间人等），然后选择合适的维权途径（如向劳动保障监察机构举报或投诉、向劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁、向法院起诉或申请支付令等）来维护自己的合法权益。