结论：民事案件已经调解结案后，能否以侵占罪自诉，需根据具体情况判断，若调解结案后仍存在侵占行为且符合侵占罪构成要件，可以自诉；若调解结案已解决相关争议，则一般不能再以侵占罪自诉。以下从不同角度详细分析：
一、侵占罪的自诉条件
侵占罪是指以非法占有为目的，将他人的交给自己保管的财物、遗忘物或者埋藏物非法占为己有，数额较大，拒不交还的行为。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，侵占罪属于告诉才处理的案件，即被害人有权直接向人民法院提起自诉。
自诉条件主要包括：
- 被害人有证据证明：被害人需要提供足够的证据证明被告人实施了侵占行为，且该行为符合侵占罪的构成要件。
- 属于告诉才处理的范围：侵占罪明确属于告诉才处理的案件类型。
- 未超过追诉时效：自诉案件同样受到追诉时效的限制，被害人需要在法定的追诉时效内提起自诉。
二、民事调解结案对侵占罪自诉的影响
调解结案已解决相关争议：
- 如果民事调解结案已经就相关争议（包括可能的侵占行为）进行了处理，且双方已经达成调解协议并履行完毕，那么一般情况下，被害人不能再以侵占罪提起自诉。因为调解协议已经具有法律效力，双方应当遵守，且调解结案通常意味着争议已经得到解决。
调解结案未涉及侵占行为或侵占行为持续存在：
- 如果民事调解结案并未涉及侵占行为，或者调解结案后被告人仍然继续实施侵占行为，且该行为符合侵占罪的构成要件，那么被害人仍然有权以侵占罪提起自诉。因为调解结案并不影响被害人对新的或未解决的侵占行为进行追诉。
三、实际操作中的建议
收集证据：
- 如果被害人认为存在侵占行为且符合自诉条件，应当首先收集足够的证据来证明被告人的侵占行为。这包括但不限于财物交接记录、证人证言、监控录像等。
咨询专业律师：
- 在提起自诉前，被害人应当咨询专业律师，了解自诉的具体流程和注意事项，以及评估自诉的可行性和胜诉率。虽然此处我作为李世杰律师已经给出了一些基本建议，但具体案件仍需具体分析。
注意追诉时效：
- 被害人需要注意侵占罪的追诉时效，确保在法定的追诉时效内提起自诉。如果超过追诉时效，将可能失去追诉的权利。
总结来说，民事案件已经调解结案后，能否以侵占罪自诉取决于调解结案是否解决了相关争议以及是否存在新的或未解决的侵占行为。如果符合自诉条件，被害人有权向人民法院提起自诉。如有具体案件或进一步疑问，可以直接向我咨询。