在违法所得认定中，赔偿金和违约金一般不应当从违法所得中扣除。以下从不同角度进行详细分析：

一、违法所得的基本概念

违法所得，通常指的是行为人通过违法行为所获得的利益。在法律上，对违法所得的认定和处置，主要是为了剥夺违法行为人的非法利益，恢复被破坏的法律秩序，并起到一定的惩戒作用。

二、赔偿金和违约金的性质

1. 赔偿金：赔偿金是因一方违约或侵权行为给对方造成损失时，违约方或侵权方应支付给对方的补偿。其目的是弥补对方因违约或侵权行为所遭受的损失，使对方恢复到受损前的状态。
2. 违约金：违约金是合同双方在合同中约定的，当一方违约时，应向对方支付的一定数额的金钱。其目的是约束合同双方履行合同义务，减少违约行为的发生。

三、赔偿金和违约金不应从违法所得中扣除的理由

1. 目的不同：违法所得的认定和处置，主要是为了剥夺违法行为人的非法利益，而赔偿金和违约金则是为了弥补受害方的损失或约束违约行为。两者的目的不同，因此不应将赔偿金和违约金从违法所得中扣除。
2. 法律性质不同：违法所得是违法行为人通过违法行为所获得的利益，具有非法性；而赔偿金和违约金则是基于合同或侵权行为而产生的法律责任，具有合法性。将合法性的赔偿金和违约金从非法性的违法所得中扣除，不符合法律逻辑。
3. 实际操作困难：在违法所得的认定过程中，如果允许扣除赔偿金和违约金，可能会导致认定过程的复杂化和不确定性。因为赔偿金和违约金的数额往往需要根据实际损失或合同约定来确定，这增加了违法所得认定的难度和不确定性。

四、特殊情况下的考虑

虽然一般情况下赔偿金和违约金不应从违法所得中扣除，但在某些特殊情况下，如违法行为与合同违约或侵权行为存在紧密关联，且赔偿金或违约金的支付确实与违法所得的获取有直接关系时，可以考虑在违法所得认定时进行适当调整。然而，这种情况需要具体案件具体分析，不能一概而论。

总结与建议：

在违法所得认定中，赔偿金和违约金一般不应当从违法所得中扣除。这是基于违法所得、赔偿金和违约金的性质以及法律逻辑的综合考虑。当然，在特殊情况下，如果确实存在紧密关联和直接关系，可以考虑进行适当调整。但无论如何，都需要在具体案件中进行具体分析，确保违法所得的认定既合法又合理。如果您在违法所得认定方面遇到任何问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。