结论前置：合同约定了违约金可以在应付款中扣除，是否需要提起反诉，需分情况讨论，具体如下：

1. 若被告在诉讼中直接主张抵扣且原告认可：
   若被告在答辩或庭审中直接提出“违约金从应付款中扣除”的抗辩，且原告（即主张付款的一方）明确表示同意，法院可能直接在判决中调整应付款金额，无需被告提起反诉。此时，双方通过协商或法院调解即可完成抵扣，程序上更高效。

2. 若被告主张抵扣但原告不认可，或违约金金额需进一步审查：
   若原告对违约金金额、计算方式或抵扣合理性提出异议（例如认为违约金过高、合同条款无效等），被告需通过反诉明确主张权利。反诉的目的是将“抵扣违约金”转化为独立的诉讼请求，要求法院对违约金的合法性、合理性进行审查，并最终判决抵扣后的应付款金额。此时提起反诉能更充分地保障被告的权益，避免因未主动主张而导致法院不予处理。

3. 若被告未在答辩期内提出反诉，可能面临的风险：
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，反诉需在举证期限届满前提出。若被告未在规定时间内提起反诉，法院可能仅处理原告的本诉请求（即要求付款），而被告主张的违约金抵扣可能被视为“抗辩”而非“诉讼请求”。若原告不认可抵扣，法院可能不会主动调整应付款金额，导致被告需另行起诉主张违约金，增加诉讼成本。

实务建议：

• 提前审查合同条款：确认违约金条款是否明确约定“可抵扣应付款”，以及是否有其他限制条件（如抵扣顺序、时间限制等）。
  
• 评估原告态度：若原告对抵扣无异议，可尝试在答辩中直接主张；若原告反对或金额存在争议，建议及时提起反诉。
  
• 注意程序时效：反诉需在举证期限届满前提出，避免因逾期丧失权利。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。