违法建筑做出限期拆除处罚的依据主要来源于相关的法律法规，具体来说，主要包括以下几个方面：
《中华人民共和国城乡规划法》：
- 该法第六十四条规定，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
- 第六十六条也规定，对于未经批准进行临时建设、未按照批准内容进行临时建设或者临时建筑物、构筑物超过批准期限不拆除的，由所在地城市、县人民政府城乡规划主管部门责令限期拆除，可以并处临时建设工程造价一倍以下的罚款。
《中华人民共和国土地管理法》：
- 该法第七十七条规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。
- 第七十八条也针对农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的行为，规定了由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋的处罚。
地方性法规和规章：
- 除了国家层面的法律法规，各地还可能根据本地实际情况制定地方性法规和规章，对违法建筑的处理作出更具体的规定。这些地方性法规和规章同样会作为处罚违法建筑的依据。
在做出限期拆除处罚时，相关部门会遵循以下程序：
- 调查取证：相关部门会对违法建筑进行调查，收集证据，确认其违法性质。
- 告知权利：在做出处罚决定前，会告知当事人有权进行陈述和申辩，甚至可以要求举行听证。
- 做出处罚决定：根据调查结果和法律法规，相关部门会做出限期拆除的处罚决定，并书面通知当事人。
- 执行处罚：如果当事人在规定期限内未自行拆除违法建筑，相关部门会依法强制执行。
对于违法建筑的处理，不仅涉及法律法规的适用，还涉及对当事人合法权益的保护。因此，在做出限期拆除处罚时，相关部门会确保程序的合法性和正当性，充分保障当事人的陈述和申辩权利。同时，当事人如果对处罚决定不服，也可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
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