国有农用地权利性质发生改变，是否需要补缴土地出让金需分情况讨论，具体如下：

1. 若改变为经营性用途（如转为建设用地进行商业开发）
   根据《中华人民共和国土地管理法》第五十五条及《城市房地产管理法》第八条，以划拨方式取得的国有土地使用权（如原农用地），若需改变用途用于商业、房地产等经营性项目，必须依法办理土地出让手续，需补缴土地出让金。出让金标准通常由地方政府根据基准地价、土地用途、规划条件等因素综合确定。

2. 若改变为非经营性用途（如转为公共设施、公益用地）
   若符合《土地管理法》第五十四条规定的划拨用地范围（如国家机关用地、军事用地、城市基础设施用地等），可继续以划拨方式使用土地，无需补缴出让金。但需注意，此类变更需经原批准用地的人民政府批准，并重新办理土地用途变更登记。

3. 若通过协议出让或租赁方式取得土地使用权
   若原农用地已通过协议出让或租赁方式取得使用权，改变用途时需根据新用途的市场价格与原用途的差额，补缴或调整土地出让金/租金。具体计算方式需参考地方政府出台的基准地价更新成果及土地出让合同约定。

关键风险提示：

• 未经批准擅自改变土地用途的，可能面临《土地管理法》第七十七条规定的行政处罚（如责令交还土地、罚款），甚至构成非法转让土地使用权罪（《刑法》第二百二十八条）。
  
• 补缴出让金前，需确保已完成土地规划调整、环境影响评价等前置程序，否则可能影响后续权属登记。

建议操作步骤：

1. 向当地自然资源主管部门查询土地用途变更的审批要求；
   
2. 委托专业机构评估新用途下的土地市场价值；
   
3. 根据评估结果与政府协商补缴出让金的具体金额及支付方式。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。