结论：房租协议中约定晚付款一天扣100元是否合理，需结合具体情况判断，包括协议内容、双方约定、法律规定以及实际损失等因素。以下从不同角度进行分析：
协议内容与双方约定：
- 房租协议是双方自愿达成的协议，只要内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，即具有法律效力。因此，如果双方在协议中明确约定了晚付款的违约金或滞纳金，且该约定是双方真实意思的表示，那么这一约定在法律上是有效的。
- 然而，约定的合理性也需考虑。如果约定的违约金或滞纳金过高，可能被视为显失公平或滥用权利，从而在法律上受到限制或调整。例如，如果房租本身很低，但晚付款的违约金却很高，这可能被认为是不合理的。
法律规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。但是，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
- 在实践中，法院或仲裁机构在判断违约金是否过高时，会综合考虑多种因素，如实际损失、合同履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等。因此，如果晚付款一天扣100元的约定被认为过高，法院或仲裁机构可能会根据具体情况进行调整。
实际损失与合理性判断：
- 晚付款可能给房东带来的实际损失包括资金占用成本、可能的再出租机会损失等。如果约定的违约金或滞纳金能够合理覆盖这些损失，那么这一约定可能是合理的。
- 如果约定的违约金或滞纳金远高于实际损失，那么这一约定可能被视为不合理。例如，如果房东因租客晚付款一天而遭受的实际损失只有几元或几十元，但约定的违约金却是100元，这显然是不合理的。
建议：
- 对于租客而言，在签订房租协议时，应仔细阅读协议条款，特别是关于违约金或滞纳金的约定。如果认为约定过高或不合理，可以与房东进行协商修改。
- 对于房东而言，在设定违约金或滞纳金时，应考虑实际损失和合理性原则，避免设定过高的违约金或滞纳金而引发纠纷。
- 如果双方因违约金或滞纳金的约定产生纠纷，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在解决纠纷时，应提供充分的证据证明自己的主张，并尊重法院或仲裁机构的裁决。
示例：
假设房租为每月2000元，双方约定晚付款一天扣100元。如果租客晚付款一天，房东因此遭受的实际损失（如资金占用成本）可能只有几元或几十元。在这种情况下，约定的100元违约金可能被认为过高，法院或仲裁机构可能会根据实际情况进行调整。
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