结论：公司调整工资结构，将原本属于福利的部分纳入底薪是否合法，需分情况讨论，关键在于是否符合劳动合同约定、是否经过民主程序以及是否保障了员工的合法权益。具体分析如下：

1. 若劳动合同中有明确约定工资结构及调整方式
   根据《劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。若劳动合同中明确约定了工资结构（如底薪+福利），且约定了公司有权根据经营状况调整工资结构，同时调整后的总工资不低于当地最低工资标准，且调整过程遵循了民主程序（如与工会或职工代表协商），则公司的调整行为可能被认定为合法。但需注意，即使合同有约定，调整也应合理，不得损害员工的核心权益。

2. 若劳动合同未明确约定工资结构或调整方式
   若劳动合同未明确约定工资结构，或未约定公司有权单方面调整工资结构，则公司擅自将福利纳入底薪的行为可能涉嫌违法。根据《劳动合同法》第三十条，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。若调整导致员工实际收入减少（如福利部分原本不计入社保基数，调整后可能影响社保待遇），或未经过民主程序（如未与员工协商一致），员工有权要求公司恢复原工资结构或补足差额。

3. 调整需保障员工合法权益
   无论何种情况，公司的调整行为均不得违反法律法规的强制性规定。例如，调整后的底薪不得低于当地最低工资标准；若福利部分原本属于“非货币性福利”（如提供住宿、交通补贴等），调整为货币形式后，需确保员工实际收入不受影响；若调整涉及社保、公积金等福利待遇，需确保符合相关法律法规的要求。

建议：

• 若您遇到此类情况，首先查看劳动合同中关于工资结构的约定，以及公司是否有明确的规章制度或通知；
  
• 若调整导致您的实际收入减少或权益受损，可与公司协商要求恢复原工资结构或补足差额；
  
• 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。
  

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