员工只工作5天自动离职是有工资的。接下来，我将从几个方面详细解释这个问题：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。这意味着，只要员工为用人单位提供了劳动，无论时间长短，用人单位都应支付相应的工资。
   • 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也明确规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。

2. 工资计算：

   • 工资的计算通常基于实际出勤天数和双方约定的日工资标准。例如，如果约定的月工资为3000元，每月按21.75天计算工作日，则日工资约为137.93元。因此，工作5天的工资即为137.93元×5天=689.65元（此数值为示例，实际计算需根据具体情况）。

3. 支付时间：

   • 用人单位应在解除或终止劳动合同时一次性付清劳动者工资。如果用人单位拒绝支付这5天的工资，劳动者可以通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁等合法途径来维护自己的权益。

4. 特殊情况：

   • 如果员工在离职前存在加班情形，用人单位还需按照法律规定支付相应的加班工资。
   • 另外，如果用人单位的规章制度有明确规定且合法，或劳动者行为给用人单位造成经济损失，可能会影响工资的支付。但在这种情况下，用人单位仍需遵守相关法律法规，不得无故克扣或拖欠工资。

综上所述，员工只工作5天自动离职时，用人单位应支付其已工作期间的工资。如果遇到用人单位拒付工资的情况，劳动者可以依法维护自己的权益。如果你还有其他法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。