员工内部索贿所得钱款属于违法所得，应当依法予以追缴并上缴国库，同时企业可根据内部规章制度对涉事员工进行纪律处分，构成犯罪的需移送司法机关处理。具体分析如下：
违法所得的追缴与处理
根据《中华人民共和国刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。员工通过索贿获取的钱款属于利用职务便利非法收受的财物，无论是否实际占有或使用，均应认定为违法所得。企业发现后应立即采取措施固定证据（如转账记录、聊天记录、证人证言等），并通过内部举报或直接向公安机关报案，由司法机关依法追缴并上缴国库。若企业已先行扣留涉案钱款，需配合司法机关移交，不得私自处置。
企业内部纪律处分
依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可解除劳动合同且无需支付经济补偿。企业应在员工手册或规章制度中明确禁止索贿行为，并规定相应处罚条款（如警告、降职、解雇等）。发现索贿后，企业应启动内部调查程序，确认事实后依据制度作出处分决定，并留存书面记录作为后续法律程序的证据。
刑事责任追究
若索贿行为涉嫌犯罪，企业需及时向公安机关报案。根据《中华人民共和国刑法》第一百六十三条，公司、企业工作人员利用职务便利索取他人财物，数额较大的（通常为6万元以上），构成非国家工作人员受贿罪，可处三年以下有期徒刑或拘役；数额巨大的（通常为100万元以上），处三年以上十年以下有期徒刑。司法机关将依法追缴违法所得，并处以罚金或没收财产。企业作为被害人可提起刑事附带民事诉讼，要求赔偿损失。
企业合规与风险防范
企业应建立反贿赂合规体系，包括制定《反商业贿赂政策》、开展员工培训、设立举报渠道等。若涉事员工为高管或关键岗位人员，企业还需评估是否需向监管部门报告（如上市公司需按《证券法》披露重大违法事件）。此外，企业可考虑通过民事诉讼追偿因索贿导致的直接经济损失（如合同违约赔偿、商誉损失等），但需注意举证责任及诉讼时效。
实务建议：企业发现员工索贿后，应第一时间委托律师介入，制定综合处理方案，平衡法律风险、企业声誉及员工权益。若需进一步分析具体案情或制定合规制度，可直接向我咨询。