针对您提出的“案件仓储费、物流损失等相关费用的补偿是否需要开发票”的问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确这些补偿费用是否属于增值税的价外费用范畴。根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》以及《营业税改征增值税试点实施办法》的相关规定，价外费用包括价外向购买方收取的各种性质的收费，如赔偿金等。但关键在于，这些费用是否与经营行为直接相关。
与经营行为直接相关的赔偿金：
- 如果案件仓储费、物流损失等费用是由于物流过程中的正常经营行为（如货物运输、仓储等）导致的损失，并且您作为销售方或服务提供方因此收取了赔偿金，那么这部分赔偿金属于价外费用，应开具增值税发票。
- 发票的开具应遵循增值税的相关规定，包括正确的税收编码（通常根据赔偿的具体内容选择服务类或货物类赔偿金，若与租赁服务相关且为货物损坏赔偿，则可能归类为货物类赔偿金，但具体需根据实际情况判断），以及准确的税率和税额。
与经营行为不直接相关的赔偿金：
- 如果这些费用是由于非经营行为（如自然灾害、意外事故等不可抗力因素）导致的损失，并且您因此收取了赔偿金，那么这部分赔偿金不属于价外费用，不需要开具增值税发票。
- 在这种情况下，您可以开具收据作为收款凭证，以证明您已收到相关赔偿。
特殊情况的考虑：
- 如果赔偿金是事先约定的，并且与特定的销售或服务行为相关（如租赁合同中约定的货物损坏赔偿），那么即使损失是由对方造成的，这部分赔偿金也应视为价外费用，需要开具发票。
- 另外，如果赔偿金是单位或个人取得的事前无约定的赔偿性收入，且不以销售为前提，那么根据相关规定，这部分收入可能不征增值税，但具体还需根据实际情况和税法规定来判断。
总结与建议：
- 在处理案件仓储费、物流损失等相关费用的补偿时，首先应判断这些费用是否与经营行为直接相关。
- 如果与经营行为直接相关，且属于价外费用范畴，那么应开具增值税发票，并遵循相关税法规定进行税务处理。
- 如果与经营行为不直接相关，或属于特殊情况的赔偿金，那么可能不需要开具发票，但应开具收据作为收款凭证。
- 在实际操作中，建议您咨询专业的税务顾问或当地税务机关，以确保您的税务处理符合相关法规和政策要求。