行政机关实体违法与重大且明显违法是两个不同的法律概念，主要区别体现在违法性质、影响范围及法律后果上。以下是对这两个概念的详细解析：
一、违法性质
实体违法：
- 定义：实体违法指的是行政机关在作出行政行为时，违反了实体法的规定，即行政行为的内容本身不符合法律、法规或规章的要求。
- 特点：实体违法通常涉及行政行为的合法性、合理性问题，如超越职权、滥用职权、适用法律错误等。
重大且明显违法：
- 定义：重大且明显违法不仅要求行政行为违反了法律、法规或规章，而且要求这种违法是重大的、明显的，即违法程度严重到足以影响行政行为的公正性和合法性，且这种违法是显而易见的，无需专业法律知识即可判断。
- 特点：重大且明显违法通常涉及程序违法或实体违法的极端情况，如未告知当事人听证权利即作出责令停产停业处罚、行政机关不具有行政主体资格等。
二、影响范围
实体违法：
- 影响：实体违法主要影响行政行为的合法性和合理性，可能损害当事人的合法权益，但不一定导致行政行为无效。
- 示例：行政机关在作出行政处罚时，错误地适用了法律条款，导致处罚过重或过轻。
重大且明显违法：
- 影响：重大且明显违法不仅影响行政行为的合法性和合理性，还直接导致行政行为无效。这种违法对当事人的权益产生了实质性影响，且违法性质严重到足以动摇行政行为的公信力。
- 示例：行政机关在作出行政处罚时，未告知当事人听证权利，且这种违法对当事人权益产生了重大影响，同时该违法也是明显的程序瑕疵。
三、法律后果
实体违法：
- 后果：实体违法的行政行为可能被撤销、变更或确认违法，行政机关可能需要承担行政责任或民事责任，但不一定导致行政行为自始无效。
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》等相关法律法规，当事人可以对实体违法的行政行为提起行政诉讼，请求法院撤销、变更或确认违法。
重大且明显违法：
- 后果：重大且明显违法的行政行为自始无效，对当事人不产生任何约束力。行政机关需要恢复原状，退还已缴纳的罚款、返还被没收的财物等，并可能需要对因无效处罚给当事人造成的损失承担赔偿责任。相关责任人还可能面临行政追责。
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十八条的规定，违反法定程序构成重大且明显违法的，行政处罚无效。
四、实际案例与应用指导
- 案例：某行政机关在作出责令停产停业处罚时，未告知当事人听证权利。由于听证是保障当事人重大权益的重要程序，未告知听证权利属于违反法定程序，且这种违法对当事人权益产生了重大影响，同时也是明显的程序瑕疵。因此，该行政处罚被法院认定为无效。
- 应用指导：对于行政机关而言，避免违反法定程序、确保行政行为的合法性和合理性至关重要。在实际操作中，行政机关应严格遵守法定程序，确保每一步都符合法律法规的要求，从而有效避免行政行为因程序违法而无效的风险。
总结来说，行政机关实体违法与重大且明显违法在违法性质、影响范围及法律后果上均存在显著差异。实体违法主要影响行政行为的合法性和合理性，而重大且明显违法则直接导致行政行为无效。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。