纪委在收到检举控告件后，若发现被检举人已经死亡，通常会根据具体情况采取以下处理方式：

1. 初步审查与核实：

   • 纪委首先会对收到的检举控告件进行初步审查，确认其内容是否涉及违纪违法行为。
   • 同时，会核实被检举人的身份信息，包括是否已死亡，以及死亡的时间、原因等。这一步骤是后续处理的基础，确保后续工作的针对性和有效性。

2. 分类处理：

   • 若检举内容不实或与被检举人无关：纪委可能会将检举件作为一般信访件处理，进行归档或转交相关部门处理，同时告知检举人处理结果。
   • 若检举内容属实且涉及违纪违法行为，但被检举人已死亡：
     • 纪委会进一步分析违纪违法行为的性质、情节以及社会影响。
     • 对于情节轻微、社会影响较小的，可能会决定不再继续调查或处分，但会将相关情况记录在案。
     • 对于情节严重、社会影响恶劣的，尽管被检举人已死亡，纪委仍可能会根据相关规定，对其违纪违法行为进行通报批评或采取其他适当的处理措施，以维护党纪国法的严肃性。同时，若涉及违法所得，可能会依法追缴。

3. 告知与反馈：

   • 纪委在处理完毕后，会根据相关规定和程序，将处理结果告知检举人或其他相关人员。
   • 若检举人或相关人员对处理结果有异议，纪委会依法依规进行复核或解释说明。

4. 特殊情况处理：

   • 若被检举人的死亡与检举的违纪违法行为有直接关联，如因违纪违法行为导致死亡，纪委在处理时会更加慎重，可能会联合相关部门进行深入调查，以查明真相并依法处理。
   • 若检举件中涉及其他在世人员的违纪违法行为，纪委会依法对相关人员进行调查处理，不受被检举人死亡的影响。

在实际操作中，纪委会严格遵循相关法律法规和党内法规的规定，确保处理过程的合法性和公正性。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。