行政机关与公司签订的砂石开采合同，其性质需根据合同的具体内容、目的及双方权利义务关系来判断，但通常情况下更倾向于认定为行政协议。以下是从不同角度进行的分析：

1. 合同目的与性质

• 行政协议：行政协议是行政机关为实现公共利益或行政管理目标，与公民、法人或其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议。砂石开采合同若涉及国家矿产资源的开采、管理，且行政机关在合同中行使了行政权力（如审批、监管等），则该合同更可能被认定为行政协议。
• 民事协议：若合同主要体现的是平等主体之间的商品交换或服务提供关系，且行政机关在合同中并未行使行政权力，而是作为一方当事人与另一方平等协商，则该合同可能被视为民事协议。但在砂石开采的语境下，这种情况较为少见，因为矿产资源的开采通常受到严格的行政监管。

2. 合同内容与条款

• 行政协议特征：若合同中包含行政机关对开采活动的审批、监管、处罚等条款，或者明确规定了行政机关在合同履行过程中的特殊权利（如单方面变更或解除合同的权利），则这些条款是行政协议的重要特征。
• 民事协议特征：若合同主要关注双方的权利义务分配，如开采范围、开采期限、开采费用、违约责任等，且未涉及行政机关的行政权力行使，则该合同更可能被视为民事协议。但在实际操作中，由于矿产资源的特殊性，完全脱离行政监管的砂石开采合同几乎不存在。

3. 法律适用与争议解决

• 行政协议：若合同被认定为行政协议，则其签订、履行、变更、解除等均应受行政法律规范的调整。在争议解决方面，双方通常需通过行政复议或行政诉讼等途径解决争议。
• 民事协议：若合同被认定为民事协议，则其签订、履行、变更、解除等应受民事法律规范的调整。在争议解决方面，双方可以通过协商、调解、仲裁或民事诉讼等途径解决争议。

4. 实践中的判断标准

• 在实践中，判断砂石开采合同是行政协议还是民事协议，通常需要考虑合同的具体内容、目的、双方的权利义务关系以及行政机关在合同中的角色和地位等因素。若行政机关在合同中行使了行政权力，且合同目的与公共利益或行政管理目标密切相关，则该合同更可能被认定为行政协议。

总结与建议：

行政机关与公司签订的砂石开采合同，在大多数情况下更可能被认定为行政协议，尤其是当合同涉及国家矿产资源的开采、管理，且行政机关在合同中行使了行政权力时。然而，具体合同的性质还需根据合同的具体内容、目的及双方权利义务关系来判断。若您对此类合同的性质存在疑问，或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。