结论前置：在未成年不同意做亲子鉴定，但其父已经做了并确定为非亲生的情况下，法院的判决会综合考虑多方面因素，但核心在于确认亲子关系是否解除以及由此引发的抚养费、精神损害赔偿等问题。以下是从不同角度的详细分析：

1. 亲子关系的确认与解除

   • 法律背景：根据《民法典》的相关规定，亲子关系可以通过生父母与子女之间的血缘关系来确认。在本案中，父亲已经通过亲子鉴定确认了与未成年子女之间不存在血缘关系，这构成了解除亲子关系的一个重要事实依据。
   • 法院判决：法院在审理此类案件时，会首先审查亲子鉴定的合法性和有效性。如果鉴定程序合法、结果准确，且没有其他相反证据推翻，法院通常会认定亲子关系不存在，并据此作出解除亲子关系的判决。但需要注意的是，解除亲子关系不仅涉及法律层面的认定，还涉及伦理、情感等多方面因素，因此法院在判决时会特别谨慎。

2. 抚养费的返还

   • 法律背景：在亲子关系被解除后，原抚养人（即父亲）有权要求返还其已支付的抚养费。这是因为抚养费的支付是基于亲子关系的存在而产生的法律义务，一旦亲子关系被解除，这种义务也随之消灭。
   • 法院判决：法院在判决抚养费返还时，会综合考虑抚养费的支付情况、子女的实际需要以及原抚养人的经济状况等因素。如果父亲能够提供充分的证据证明其已支付的抚养费数额，且子女确实不需要这些费用（例如，子女已由生母或其他亲属抚养），法院通常会判决返还部分或全部抚养费。

3. 精神损害赔偿

   • 法律背景：在亲子关系被错误认定的情况下，原抚养人（即父亲）可能因长期抚养非亲生子女而遭受精神损害。根据《民法典》的相关规定，受害人有权要求侵权人（即生母或实际生父）承担精神损害赔偿责任。
   • 法院判决：法院在判决精神损害赔偿时，会综合考虑受害人的精神损害程度、侵权人的过错程度以及当地的经济生活水平等因素。如果父亲能够提供充分的证据证明其因抚养非亲生子女而遭受了严重的精神损害，且侵权人存在过错（例如，故意隐瞒真相），法院通常会判决侵权人承担一定的精神损害赔偿责任。

4. 特殊情况下的考虑

   • 未成年子女的意愿：虽然未成年子女不同意做亲子鉴定，但这并不影响法院对亲子关系的认定。然而，在判决时，法院可能会考虑未成年子女的意愿和利益，尽量减少对其造成的心理伤害。
   • 其他亲属关系：如果未成年子女除了生母外，还有其他亲属（如祖父母、外祖父母等）愿意且有能力抚养，法院在判决时也可能会考虑这些因素，以确保未成年子女的抚养问题得到妥善解决。

总结与建议：在处理此类案件时，建议父亲首先收集充分的证据（如亲子鉴定报告、抚养费支付凭证等），然后向法院提起诉讼。在诉讼过程中，要积极配合法院的调查和审理工作，并充分考虑未成年子女的意愿和利益。如果遇到复杂的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。