在女方不同意做亲子鉴定的情况下，法院的认定会综合多方面因素进行判断，核心原则是保护未成年子女利益、兼顾各方合法权益，并依据证据规则作出合理推定。具体来说，法院的认定会分以下几种情况：

1. 男方有初步证据证明亲子关系可能存疑
   若男方能提供必要证据（如血缘关系异常的间接证据、女方孕期行为异常等），形成合理怀疑链条，法院可能依据《民法典婚姻家庭编解释（一）》第39条，推定存在亲子关系，并支持男方主张（如要求女方配合鉴定或承担不利后果）。此时女方拒绝鉴定可能被视为“阻碍举证”，法院可能直接认定亲子关系成立。

2. 男方无任何证据或证据不足
   若男方仅凭主观怀疑或无法提供初步证据，法院通常不会强制女方配合鉴定。因为亲子鉴定涉及人身权利，需遵循自愿原则，且法律禁止以侵犯人格权的方式取证。此时女方拒绝鉴定是合法权利，法院不会因男方单方主张而推定亲子关系存疑。

3. 涉及未成年子女利益时
   若鉴定结果直接影响子女权益（如抚养费、继承权等），法院可能更谨慎。例如，若子女已长期与男方共同生活且形成抚养关系，即使女方拒绝鉴定，法院也可能优先保护子女现有生活稳定，不轻易推翻亲子关系；反之，若子女年龄较小且男方能证明鉴定必要性，法院可能支持男方诉求。

实务建议：

• 对男方而言，需提前收集证据（如聊天记录、医疗记录、证人证言等），形成合理怀疑基础后再申请鉴定；
  
• 对女方而言，若拒绝鉴定需明确理由（如隐私权、身体权等），并准备反驳男方证据的材料；
  
• 双方均可通过调解、协商等方式解决争议，避免诉讼对子女造成心理伤害。
  

若有具体案件细节或证据材料，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您分析。