结论：公司法并未被民法典取代，两者是并行实施、各自独立的法律体系，分别调整不同的法律关系。以下从多个角度为你详细分析：
一、公司法与民法典的独立性及立法目的
公司法：作为特别法，公司法专注于规范公司的设立、组织、运营、解散及清算等全过程。它旨在保护公司、股东和债权人的合法权益，维护社会经济秩序，并促进社会主义市场经济的发展。公司法的调整范围主要限于公司内部的组织关系以及公司与外部的交易关系，例如公司的股东会、董事会、监事会的职权划分，以及公司对外签订合同、承担债务等。
民法典：作为民事法律的基本准则和一般性规范，民法典致力于保障公民的人身权、财产权等民事权益。它调整的是平等主体之间的自然人、法人和非法人组织之间的人身关系和财产关系。比如，个人之间的借款合同、买卖合同，以及法人之间的合作协议等，都受民法典的调整。民法典为公司法等特别法的制定提供了基础性和通用性的法律依据。
二、公司法与民法典的关联性
尽管公司法与民法典在立法目的和调整范围上有所不同，但两者在某些方面存在紧密的关联性：
法人制度：公司法中关于公司法人地位的规定，与民法典中关于法人制度的规定相互衔接。民法典规定了法人的基本分类（营利法人、非营利法人等）及成立条件，公司作为典型的营利法人，其设立、组织机构等均以民法典为基础。例如，公司章程的制定需符合民法典关于意思表示的规定。
民事权利与义务：公司法中涉及的股东权利、公司债权债务等，均属于民事权利的范畴，与民法典中关于民事权利与义务的规定相呼应。比如，股东享有资产收益权、参与重大决策权等，这些权利的保护和行使都遵循民法典的基本原则。
合同制度：公司在运营过程中签订的各类合同，同样受民法典中合同制度的约束和保护。民法典明确了合同的订立、履行、变更、解除等规则，公司签订的买卖合同、租赁合同等，都必须遵守这些规定。
三、法律适用原则
在实际操作中，应遵循以下法律适用原则：
优先适用特别法：对于涉及公司组织和行为等特定事项，应优先适用公司法的相关规定。这是因为公司法作为特别法，针对公司这一特殊主体制定了更为具体和详尽的规则。例如，在处理公司股东之间的股权转让纠纷时，应首先依据公司法的规定来判断股权转让的效力、其他股东的优先购买权等问题。
补充适用一般法：对于公司法未作明确规定或与公司法无直接冲突的事项，可适用民法典的相关规定进行补充和完善。这体现了民法典作为基础性法律的普遍适用性。比如，公司在经营过程中与第三方发生侵权纠纷，如果公司法没有相关规定，就可以适用民法典中关于侵权责任的规定来处理。
冲突解决原则：在极少数情况下，当公司法与民法典的规定发生冲突时，应根据法律冲突解决的原则进行协调和处理。通常，特别法优于一般法，但具体处理需结合案件实际情况和法律规定进行综合判断。例如，如果公司法对某一事项的规定与民法典的规定存在差异，且公司法有特别规定，那么应优先适用公司法的规定；但如果公司法的规定与民法典的基本原则相违背，或者公司法没有相关规定而民法典有一般性规定，那么可能需要综合考虑两者的规定来作出判断。
四、实际案例分析
假设有一家有限公司，股东之间因股权转让问题产生纠纷。在这个案例中，首先应依据公司法的规定来处理。根据公司法，有限公司的股权转让需其他股东过半数同意，且其他股东享有优先购买权。如果股东在转让股权时没有遵守这些规定，那么股权转让的效力可能会受到影响。但是，如果股权转让过程中还涉及到合同的其他方面，如合同的成立、履行、违约责任等，而这些方面公司法没有详细规定，那么就可以适用民法典中关于合同制度的规定来处理。
综上所述，公司法与民法典是两部既独立又关联的法律体系。在处理与公司相关的事务时，应准确理解和把握两者的区别与联系，确保正确适用法律，以维护各方当事人的合法权益和社会经济秩序的稳定发展。如果你还有其他关于公司法务的问题，欢迎直接向我咨询。