结论：在双方合伙做生意且账目未搞清楚的情况下，是否让工人继续开工需要分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从合伙协议角度
   • 如果合伙协议中有明确约定，在账目不清的情况下如何处理开工事宜，那么应当遵循合伙协议的约定。例如，协议可能规定在账目未清算前，暂停一切经营活动，包括工人开工，以避免进一步的财务混乱和损失扩大。这种情况下，就不应该让工人继续开工。
   • 若合伙协议没有相关约定，那么需要进一步考虑其他因素。
2. 从维护合伙利益角度
   • 可以继续开工的情况：如果账目不清是由于一些暂时的、可解决的原因导致，比如财务人员疏忽、记录不及时等，且继续开工能够为合伙带来预期的收益，并且这种收益明显大于可能因账目不清带来的风险，那么可以考虑让工人继续开工。但在此过程中，应当尽快采取措施查明账目，例如聘请专业的会计师进行审计。
   • 不应继续开工的情况：如果账目不清是因为存在严重的财务问题，如合伙人挪用资金、财务造假等，继续开工可能会导致合伙财产进一步流失，损害其他合伙人的利益。在这种情况下，应当立即停止开工，先解决账目问题，查明真相，追究相关责任人的法律责任。
3. 从法律风险角度
   • 如果在账目不清的情况下继续开工，可能会面临一些法律风险。例如，如果后续发现账目问题是由于某一合伙人的违法行为导致，继续开工可能会被视为对违法行为的默许或纵容，其他合伙人可能需要承担连带责任。
   • 另外，如果因为账目不清导致合伙财产状况不明，在与其他第三方进行交易时，可能会引发合同纠纷等法律问题，给合伙带来不必要的麻烦和损失。

建议：在账目未搞清楚之前，最好先暂停工人开工，组织合伙人共同对账目进行清理和核实。可以邀请专业的财务人员或会计师参与，确保账目清晰准确。如果合伙人之间无法自行解决账目问题，可以考虑通过协商、调解或诉讼等法律途径解决争议。