面对合伙做工程账目不清的问题，首先我们要明确的是，这确实是一个复杂且需要细致处理的问题。以下是我根据相关法律法规和实际操作经验，为您提供的具体解决方案：

1. 明确合伙协议中的约定：

   • 首要步骤是回顾合伙协议，查看其中是否有关于账目管理、审计以及纠纷解决方式的明确约定。
   • 若有相关约定，应严格按照协议执行，这包括对账目的核对、审计机构的聘请以及纠纷的解决方式等。

2. 协商核对账目：

   • 在发现账目不清时，首先尝试与合伙人进行友好协商，共同核对账目，查明差异原因。
   • 要求账目经手人提供详细的收支凭证、发票等资料，以便进行逐一核对。

3. 聘请专业审计机构：

   • 若合伙人自身无法理清账目，或者协商无果，可以考虑聘请专业的会计师事务所进行审计。
   • 会计师具备专业知识和经验，能够依据相关会计准则和法规，对工程账目进行全面审查，并给出专业处理建议。

4. 法律途径解决：

   • 若协商和审计均无法解决问题，或者存在合伙人故意隐匿、篡改账目等损害其他合伙人利益的行为，受损方有权向法院提起诉讼。
   • 在诉讼过程中，需要提供充分的证据来证明合伙关系、出资情况、业务往来以及账目不清的事实。
   • 法院会根据证据和法律规定，对合伙账目进行审查和裁决，以明确各方权益，保障合法利益。

5. 预防与后续管理：

   • 为了避免类似问题的再次发生，建议在合伙协议中明确账目管理的具体规定，包括定期审计、账目公开等。
   • 同时，加强合伙人之间的沟通与合作，确保账目的透明度和准确性。

综上所述，合伙做工程账目不清时，应首先查看合伙协议中的约定，并尝试通过协商和聘请专业审计机构来解决问题。若协商无果或存在违法行为，可通过法律途径来维护自身权益。希望这些建议能对您有所帮助，如有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。