结论前置：分居五六年了联系不到被告，是可以起诉离婚的。以下是具体的分析和操作步骤：

一、明确管辖法院

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，离婚诉讼一般由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。若被告下落不明或被采取强制措施等情形下，也可由原告住所地或经常居住地人民法院管辖。因此，您需要确定被告的住所地或经常居住地，以便向有管辖权的人民法院提起诉讼。如果被告已经离开原住所地多年，且您无法确定其具体下落，那么您可以向自己的住所地或经常居住地的人民法院提起诉讼，但需要提供相关证据证明被告下落不明。

二、准备起诉材料

1. 民事起诉状：应包含您与被告的基本信息、诉讼请求（如解除婚姻关系）、事实与理由（说明双方感情确已破裂且无和好可能，特别是要强调分居五六年的事实）等内容。
2. 证据材料：
   • 结婚证、身份证等证明双方婚姻关系和个人身份的材料。
   • 证明夫妻感情破裂的证据，如分居证明（可以包括社区或村委会出具的证明、租房合同、水电费缴纳记录等能证明您与被告长期分居的材料）、通讯记录（如果曾经有过联系，可以提供通讯记录作为辅助证据，虽然现在联系不上，但过去的记录可以证明双方曾经的分居状态）等。特别注意收集能证明因感情不和分居满两年的证据，这是法定判决离婚的情形之一。
   • 其他可能有助于证明您主张的材料，如证人证言（可以请了解您与被告分居情况的亲友出庭作证）等。
3. 其他材料：根据法院要求可能需要提供的其他文件，如授权委托书（如有代理人）、送达地址确认书等。

三、向法院提起诉讼

将准备好的起诉材料及证据一并提交给有管辖权的人民法院，并缴纳相应的诉讼费用。法院在收到起诉材料后，会进行审查。

四、参与诉讼程序

1. 立案审查：法院会对起诉材料进行形式审查，符合立案条件的予以受理。
2. 送达与答辩：法院会向被告送达起诉状副本及开庭传票。由于被告下落不明，法院可能会通过公告方式送达。被告需在规定时间内提交答辩状，但如果被告未出现或未提交答辩状，不影响法院的审理。
3. 开庭审理：法院会安排开庭时间，您需要到庭参加诉讼。庭审中，您需要陈述事实、举证质证并进行辩论。
4. 调解与判决：法院在审理过程中会先行调解，若调解无效且确认夫妻感情确已破裂，将依法作出准予离婚的判决。

五、后续事项处理

1. 财产分割：若涉及夫妻共同财产分割，法院将根据具体情况进行判决。您需要在起诉时明确提出财产分割的请求，并提供相关证据。
2. 子女抚养：若有未成年子女，需就抚养权归属、抚养费支付等问题达成协议或由法院判决。您需要在起诉时明确提出子女抚养的请求，并提供相关证据证明自己的抚养能力和条件。
3. 执行程序：判决生效后，若一方不履行义务，另一方可申请强制执行。

特别提醒：在整个诉讼过程中，您可能需要面对一些挑战，如证明分居事实、收集证据等。如果您感到困惑或无法自行处理，可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议和帮助。