结论：妻子通常有权要求返还丈夫未经同意擅自使用夫妻共同财产为小三开公司的相关财产。具体能否要回以及要回的方式，需根据店铺出资的财产性质来判定。
法律分析：
若公司使用的是夫妻共同财产出资：
- 法律依据：根据我国《民法典》第一千零六十二条的规定，夫妻在婚姻关系存续期间所得的工资、奖金、劳务报酬，生产、经营、投资的收益等财产，为夫妻的共同财产，归夫妻共同所有。夫妻对共同财产有平等的处理权。一方未经另一方同意私自将夫妻共同财产赠送给第三者，属于擅自处分夫妻共同财产，侵犯了配偶的财产权，这种赠与行为是无效的。
- 追回依据：丈夫未经妻子同意，擅自使用夫妻共同财产为小三开公司，侵犯了妻子的财产权益。
- 解决途径：
- 协商解决：首先尝试与丈夫协商，要求其停止侵权行为，并对公司的财产权益进行合理分割。
- 法律途径：若协商不成，妻子可以向法院提起诉讼，提供银行转账记录、财产清单等证据证明公司的出资来源于夫妻共同财产。法院会依法审理并作出判决，可能要求丈夫返还用于开公司的夫妻共同财产或对公司财产权益进行重新分割。
若公司使用的是丈夫的个人财产出资：
- 个人财产定义：如婚前财产、因人身损害获得的赔偿等明确规定为个人财产的部分。
- 追回难度：在这种情况下，要回公司会比较困难，因为丈夫有权自行处分其个人财产。
- 关注重点：但妻子仍应关注公司经营是否对夫妻共同财产产生影响，如公司盈利是否用于夫妻共同生活。若存在此类问题，妻子可通过法律途径维护自己的权益，例如要求分割公司盈利中属于夫妻共同财产的部分。
实际操作建议：
- 沟通先行：在采取法律行动之前，尝试与丈夫进行坦诚沟通，表达你的不满和担忧，以及此行为对家庭和婚姻的影响。
- 收集证据：准备法律诉讼时，需收集相关证据，如银行转账记录、公司经营情况、丈夫与小三的关系证明等。这些证据将有助于证明公司的出资来源以及丈夫的侵权行为。
- 寻求法律帮助：在处理此类复杂法律问题时，建议直接向我咨询，我可以为你提供更具体的法律建议和支持，帮助你更好地维护自己的权益。
注意事项：
- 避免情绪化决策：在处理此类问题时，应保持冷静理性，避免情绪化决策。情绪化的行为可能会加剧矛盾，不利于问题的解决。
- 考虑家庭影响：尽量寻求和平解决方式，以减少对家庭和孩子的不良影响。家庭和谐是重要的，但在维护自己权益的同时，也要考虑如何最小化对家庭的影响。
- 刑事责任追究：如果丈夫的行为构成重婚罪或其他违法行为，你还可以向公安机关报案，追究其刑事责任。这不仅可以维护你的合法权益，也可以对丈夫的违法行为进行制裁。
综上所述，妻子在丈夫未经同意擅自使用夫妻共同财产为小三开公司的情况下，完全有权要求返还相关财产。在实际操作中，应综合考虑法律、家庭和情感等多方面因素，寻求最合适的解决方案。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。