取保候审90天期满后，公安机关通常会根据案件进展情况采取以下处理方式：

1. 解除取保候审并撤销案件
   若公安机关在90天内完成侦查，发现证据不足或不符合起诉条件，会依法解除取保候审措施，并作出撤销案件的决定。此时，当事人可要求公安机关出具《解除取保候审决定书》和《撤销案件决定书》，彻底恢复人身自由。

2. 移送检察院审查起诉
   若公安机关认为案件事实清楚、证据充分，会在期限届满前将案件移送检察院审查起诉。此时取保候审措施可能延续至审查起诉阶段，检察院会重新决定是否继续取保或变更强制措施（如逮捕）。

3. 变更强制措施为逮捕或监视居住
   若公安机关发现新的犯罪事实或证据，认为需要继续羁押当事人，可能依法提请检察院批准逮捕；若不符合逮捕条件但需限制自由，可能变更为监视居住措施。

4. 延长侦查期限（特殊情况）
   根据《刑事诉讼法》第156条，对于重大复杂案件，公安机关可报请上级检察院批准延长侦查期限（一次最长2个月）。但需注意：取保候审的最长期限为12个月，即使侦查期限延长，也不得突破该限制。

当事人注意事项：

• 公安机关未在90天内采取上述措施的，当事人或辩护律师可主动要求解除取保候审；
  
• 若收到《移送审查起诉告知书》，应及时委托律师阅卷，评估案件风险；
  
• 任何强制措施变更均需公安机关出具书面法律文书，当事人有权要求查验并留存复印件。

建议行动：
若您的案件已接近90天期限，可携带《取保候审决定书》等材料与我进一步沟通，我将结合案情分析公安机关可能采取的措施，并协助制定应对方案。