合同中约定两个工作地点，往返是否算出差以及如何计算，需结合具体情况判断，以下是详细分析：

1. 合同条款的明确约定
   若合同中已明确约定“往返于两个工作地点之间的行程属于出差”，或对往返的交通、住宿、补贴等费用有具体安排（如报销标准、补贴金额），则直接按合同约定执行。此时，往返行为具备“因工作需要离开常驻地点”的出差属性，企业应按约定提供相应待遇。

2. 合同未明确约定时的判断标准
   若合同未明确约定，需从以下角度综合判断是否构成出差：

   • 工作地点性质：若两个地点均为员工固定办公场所（如总部与分公司），且往返是日常工作内容（如定期汇报、跨部门协作），则可能不被认定为出差，而是“多地点办公”，企业无需支付额外补贴。
     
   • 往返频率与必要性：若往返是临时性、阶段性的（如项目需要短期驻点），或因企业安排导致员工需频繁切换工作地点（如每日往返不同城市），则更可能被认定为出差，企业需承担交通、住宿等费用。
     
   • 行业惯例与公平性：参考同行业类似岗位的普遍做法，若其他企业对此类情形均认定为出差并给予补贴，则本企业也应遵循公平原则处理。

3. 费用计算与补贴标准
   若认定为出差，费用计算通常包括：

   • 交通费：按实际发生的公共交通票据报销，或按企业规定的标准（如高铁二等座、经济舱）给予补贴。
     
   • 住宿费：若需在外过夜，按企业规定的住宿标准（如星级、金额上限）报销。
     
   • 伙食补贴：按企业规定的每日补贴金额发放（如100元/天）。
     
   • 其他费用：如通讯费、异地办公设备租赁费等，按合同或企业制度执行。
     注：若往返当日可返回，通常不涉及住宿费，但可能按半天或全天计算伙食补贴。

4. 企业未支付费用的法律风险
   若企业未将往返认定为出差且未支付费用，员工可主张：

   • 要求企业补发补贴：若能证明往返是因工作需要且符合出差条件，企业可能需补发交通、住宿等费用。
     
   • 解除合同并索赔：若企业长期未支付且影响员工权益，员工可能以“未提供劳动条件”为由解除合同，并要求经济补偿。

建议：

• 对员工而言：签订合同时明确约定往返性质及费用标准；保留往返的票据、沟通记录等证据；若企业未支付费用，可先协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请仲裁。
  
• 对企业而言：在合同或规章制度中明确多地点办公的规则（如是否认定为出差、补贴标准）；定期与员工沟通，避免因理解差异产生纠纷。
  

如有具体合同条款或企业制度需要分析，可进一步提供细节，我会为您详细解答。