结论：黄金条发货后拒收扣百分之三是否合法，不能一概而论，需根据合同约定、法律规定及交易习惯综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定优先：

   • 合法情形：若双方在货物买卖合同中明确约定了“买方拒收货物时，需支付货物总价款百分之三的违约金或赔偿金”，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则该约定合法有效。在此情况下，卖方有权依据合同约定要求买方支付百分之三的款项。
   • 不合法情形：若合同中未明确约定拒收货物的违约责任，或约定的违约责任过高（如超过实际损失的百分之三十），则可能因缺乏合同依据或违反法律规定而被认定为不合法。此时，卖方无权直接要求买方支付百分之三的款项，但可依据实际损失要求赔偿。

2. 法律规定补充：

   • 《民法典》相关规定：根据《中华人民共和国民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。若买方拒收货物构成违约，卖方有权要求其承担违约责任，但具体责任形式需依据合同约定或法律规定确定。
   • 违约金调整：若合同中约定的违约金过高或过低，当事人可以请求人民法院或仲裁机构予以调整。因此，即使合同中约定了百分之三的违约金，若买方认为该约定过高，也可依法请求调整。

3. 交易习惯参考：

   • 行业惯例：在某些行业或交易中，可能存在拒收货物需支付一定比例违约金的惯例。若该惯例不违反法律、行政法规的强制性规定，且双方在合同中未明确排除，则可作为判断违约责任的参考。
   • 公平原则：在判断拒收货物是否应支付违约金及具体比例时，还需考虑公平原则。若百分之三的违约金明显高于卖方因买方拒收所遭受的实际损失，则可能因违反公平原则而被认定为不合法。

法律建议：

• 审查合同：建议卖方首先审查货物买卖合同，确认其中是否明确约定了拒收货物的违约责任及具体比例。
• 评估损失：若合同中未明确约定或约定不明确，卖方应评估因买方拒收所遭受的实际损失，并据此要求赔偿。
• 协商解决：在发生纠纷时，双方可尝试通过协商解决争议，以节省时间和成本。
• 法律途径：若协商无果，卖方可依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁，要求买方承担违约责任。

可能法律后果：

• 若合法：卖方有权要求买方支付百分之三的款项，并可能通过法律途径强制执行。
• 若不合法：卖方无权要求买方支付百分之三的款项，但可依据实际损失要求赔偿。若买方拒不赔偿，卖方同样可通过法律途径维护自身权益。