绩效工资被扣，劳动者是有权申请劳动仲裁的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
- 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条：明确规定了因劳动报酬等发生的争议属于劳动争议范畴，适用本法。绩效工资作为劳动报酬的一部分，其克扣行为自然也在劳动争议调解仲裁的受理范围内。
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。绩效工资作为工资的重要组成部分，同样受到此法律条文的保护。
二、申请劳动仲裁的条件
公司扣发行为缺乏合理依据：
- 若公司扣发绩效工资的行为没有明确的规章制度作为依据，或者规章制度本身不合理、未经过民主程序制定且未公示告知劳动者，那么这种扣发行为就缺乏合法性，劳动者有权申请劳动仲裁。
扣发数额过高或明显不合理：
- 即使公司有相关的绩效考核制度，但如果扣发的绩效工资数额过高，明显超出了合理范围，损害了劳动者的合法权益，劳动者同样可以申请劳动仲裁来维护自己的权益。
扣发行为未按照规章制度规定的程序进行：
- 公司应向劳动者说明扣发的原因和依据，确保程序的合法性。如果公司未按照规章制度规定的程序进行扣发，劳动者也有权申请劳动仲裁。
三、申请劳动仲裁的流程与材料
收集证据：
- 包括劳动合同、工资条、银行工资流水、绩效评估文件、沟通记录等。这些证据用于证明劳动关系、绩效工资约定、工资发放情况、绩效评估结果以及与公司沟通的过程。
提交仲裁申请：
- 向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书及相关证据。仲裁申请书需详细说明申请人和被申请人的基本信息、仲裁请求、事实和理由。
等待受理与审理：
- 仲裁委员会在收到申请后五日内决定是否受理，并通知申请人。受理后，仲裁庭将在开庭五日前通知双方当事人开庭日期和地点。在庭审过程中，双方进行举证、质证和辩论。
接收裁决：
- 仲裁庭自受理之日起四十五日内作出裁决，复杂案件可延期但不超过十五日。
四、注意事项
协商优先：
- 在申请劳动仲裁前，建议劳动者先与公司进行协商，尝试通过和解方式解决争议。这有助于节省时间和精力，同时也有助于维护良好的劳动关系。
仲裁时效：
- 劳动争议申请仲裁的时效期间一般为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。劳动者应确保在时效期内提出申请，以免丧失胜诉权。
五、实际作用与效果
- 追回损失：成功申请劳动仲裁后，劳动者有可能追回被扣发的绩效工资及相应的经济补偿金。
- 规范用工：仲裁结果可促使企业完善考核制度，避免类似纠纷再次发生，从而维护劳动市场的秩序和稳定。
- 法律威慑：即使部分诉求未获支持，仲裁过程也能引起企业对劳动法规的重视，促使其更加合规地用工。
总结来说，如果绩效工资被扣且该行为侵害了劳动者的合法权益，劳动者完全有权依据相关法律法规申请劳动仲裁来维护自己的权益。在申请过程中，劳动者应充分准备证据材料，明确仲裁请求，并在规定的时效期间内提出申请。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。