结论：公司规定加班不得超60小时，员工实际加班100小时，人事要求超过部分算调休，这一做法是否合法，需分情况讨论。

分析：

1. 加班时间的法律规定：

   • 根据我国《劳动法》的相关规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
   • 在您描述的情况中，公司规定加班不得超60小时，这本身已经超出了法律规定的每月最高加班时限（36小时），因此公司的这一规定是不合法的。员工实际加班100小时，更是远远超出了法定时限。

2. 调休与加班工资的法律规定：

   • 对于超出法定加班时限的部分，用人单位不能简单地通过调休来规避支付加班工资的责任。根据《劳动法》的规定，安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 在您描述的情况中，人事要求超过部分算调休，这不符合法律规定。对于超出法定加班时限的部分，员工有权要求公司支付相应的加班工资，而不是仅仅通过调休来补偿。

3. 公司的合规建议：

   • 公司应严格遵守《劳动法》关于加班时间的规定，确保员工的加班时间不超过法定时限。
   • 对于确实需要加班的情况，公司应与员工协商并支付相应的加班工资，而不是试图通过调休来规避责任。
   • 公司应建立健全的加班管理制度，明确加班的审批流程、加班工资的计算方式等，以避免类似的法律纠纷。

建议：

• 如果您作为员工遇到了这种情况，您可以先与公司进行沟通，要求公司按照法律规定支付加班工资。
• 如果公司拒绝支付或协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

后续行动：

• 在处理此类问题时，建议您保留好相关的加班记录、工资单等证据，以便在需要时提供证明。
• 如果您对具体的法律程序或证据收集有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。