结论：法院在执行禁止母亲藏匿孩子的人格权侵害禁令，允许父亲探望两次后就结案，这一行为是否合法不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从多个角度进行分析：
一、结案的合法性基础
禁令执行的目的与效果：
- 人格权侵害禁令的主要目的是制止正在发生或可能发生的侵害人格权的行为，保护受害人的合法权益。在本案中，禁令旨在禁止母亲藏匿孩子，保障父亲对孩子的探望权。
- 如果法院在执行禁令后，认为母亲已经停止了藏匿孩子的行为，且父亲已经能够正常行使探望权，那么从禁令执行的目的和效果来看，结案是合理的。
结案的法定条件：
- 根据相关法律规定，案件结案通常需要满足一定的条件，如当事人达成和解、法院判决或裁定等。在禁令执行案件中，如果法院认为禁令已经得到有效执行，且没有继续执行的必要，那么可以依法结案。
二、结案可能存在的争议点
探望权的保障程度：
- 父亲仅探望两次孩子后案件就结案，可能引发对探望权保障程度的质疑。如果父亲认为探望次数过少，无法充分行使探望权，那么他可以向法院提出异议或申请复议。
- 法院在结案前应充分考虑父亲的探望需求，确保探望权的行使不受不当限制。
母亲行为的持续性评估：
- 法院在结案前应对母亲的行为进行持续性评估，确认她是否真正停止了藏匿孩子的行为。如果母亲只是暂时停止藏匿，而法院未进行充分评估就结案，那么可能导致禁令的执行效果大打折扣。
三、建议与措施
父亲可以采取的措施：
- 如果父亲对结案有异议，认为探望权未得到充分保障，他可以向法院提出书面异议，要求法院重新审查案件。
- 父亲还可以与母亲进行协商，尝试通过和解的方式解决探望权问题。如果协商无果，他可以向法院申请强制执行探望权。
法院应考虑的因素：
- 法院在结案前应充分考虑双方的利益诉求，确保探望权的行使既不受不当限制，也不影响孩子的正常生活和学习。
- 法院还可以根据案件的具体情况，制定详细的探望计划或安排，以保障探望权的顺利行使。
总结与进一步思考：法院在执行禁止母亲藏匿孩子的人格权侵害禁令后，允许父亲探望两次就结案的行为是否合法，需结合禁令执行的目的、效果以及结案的法定条件进行综合判断。如果父亲对结案有异议或认为探望权未得到充分保障，他可以向法院提出异议或申请复议。同时，法院在结案前也应充分考虑双方的利益诉求和案件的具体情况，确保探望权的行使既合法又合理。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。