针对您提出的问题，即未婚生子女方不配合办理出生证明，且男方虽有亲子鉴定书但医院仍不给办理的情况，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，出生医学证明是新生儿的重要法律文件，它记录了新生儿的基本信息以及父母的信息。在办理出生医学证明时，通常需要父母双方的有效身份证件以及相关的住院分娩记录等材料。

针对您的情况，虽然您已经进行了亲子鉴定并持有亲子鉴定书，但医院可能仍然要求女方提供有效身份证件或配合办理相关手续。这是因为，从医院的角度出发，他们需要确保出生医学证明上的信息准确无误，以避免后续可能出现的法律纠纷。

然而，当女方不配合时，您可以考虑以下途径来解决问题：

1. 与女方沟通协商：

   • 尝试与女方进行友好沟通，解释办理出生医学证明的重要性，以及它对孩子未来生活的影响。
   • 提出合理的解决方案，如共同前往医院办理手续，或由您提供必要的材料并由女方签署相关声明等。

2. 寻求法律援助：

   • 如果沟通无果，您可以考虑寻求法律援助。咨询专业律师，了解您的法律权益和可行的法律途径。
   • 律师可能会建议您向法院提起诉讼，要求确认亲子关系并判令女方配合办理出生医学证明。在此过程中，您提供的亲子鉴定书将作为重要证据。

3. 参考相关案例和法律规定：

   • 根据我国相关法律规定，父母对未成年子女的抚养是法定义务，无论婚生子女还是非婚生子女均应履行。
   • 在亲子关系确认方面，如果申请亲子鉴定的一方已经提交了较为充足的证据证明亲子关系存在，而拒绝配合亲子鉴定的一方在没有提出反证的情况下，法院可能会依法推定亲子关系成立。
   • 此外，有些地区的规定也明确指出，在不能提供新生儿父亲信息的情况下，新生儿母亲须提供书面声明，签发机构可在出生医学证明上父亲信息的相应栏目处填写“/”。虽然这主要针对的是母亲单方申领的情况，但也为解决类似问题提供了一定的法律思路。

4. 与医院沟通并提供额外材料：

   • 在与医院沟通时，除了提供亲子鉴定书外，您还可以尝试提供其他能够证明亲子关系的材料，如住院分娩记录、联系方式记录等。
   • 向医院解释您的困境和女方的态度，请求医院在核实材料的基础上，依法为孩子办理出生医学证明。

5. 考虑行政诉讼：

   • 如果医院仍然拒绝办理出生医学证明，且您认为医院的做法侵犯了孩子的合法权益，您可以考虑向法院提起行政诉讼，请求法院判令医院为孩子出具出生医学证明。

综上所述，解决这个问题需要您综合考虑多种途径，包括与女方沟通协商、寻求法律援助、参考相关案例和法律规定、与医院沟通并提供额外材料以及考虑行政诉讼等。希望这些建议能够对您有所帮助，并祝您早日解决问题。