经济犯罪案件中，若犯罪嫌疑人因证据存疑未被批准逮捕，两年后案件的处理方式需结合具体情形分析，主要分为以下两种情况：

1. 案件已过追诉时效
   根据《刑法》第八十七条，法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉时效为五年。若经济犯罪的法定刑在此范围内，且案件自立案之日起已超过五年（含存疑不捕后的两年），则案件可能因超过追诉时效而不再追诉。但需注意：

   • 若案件在追诉时效内已立案，且公安机关已采取强制措施（如取保候审、监视居住），则追诉时效不受影响；
     
   • 若案件在追诉时效内未立案，或立案后未采取强制措施，则需严格计算时效。

2. 案件未过追诉时效，需继续侦查或处理
   若案件未超过追诉时效，公安机关可能根据《刑事诉讼法》第一百六十三条的规定，继续侦查或采取其他措施：

   • 补充侦查：若原证据存疑，公安机关可补充收集新证据（如证人证言、书证、电子数据等），重新提请检察院批准逮捕或直接移送审查起诉；
     
   • 撤销案件：若经补充侦查仍无法达到逮捕条件，且无其他犯罪线索，公安机关可依据《公安机关办理刑事案件程序规定》第一百八十六条撤销案件；
     
   • 变更强制措施：若犯罪嫌疑人已被取保候审或监视居住，公安机关可根据案情调整强制措施（如延长期限或解除措施）；
     
   • 移送审查起诉：若公安机关认为证据已充分，可直接将案件移送检察院审查起诉，由检察院决定是否提起公诉。

实务建议：

• 若您是犯罪嫌疑人或家属，可主动向公安机关或检察院了解案件进展，要求书面说明不捕理由及后续处理计划；
  
• 若案件涉及财产处置（如冻结账户、查封资产），可依法申请解除保全措施；
  
• 若认为公安机关处理不当，可依法申请复议、复核或向检察院申诉。
  

提示：经济犯罪案件的证据收集和法律适用复杂，具体处理需结合罪名、金额、证据类型等综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案情。