在农村院子里建存放工具的棚子是否违法，需分情况讨论，具体如下：
若棚子建设符合宅基地使用规划和相关审批要求：
- 一般来说，农村宅基地的使用需遵循当地政府的规划和审批流程。如果建设的棚子是在宅基地范围内，且符合当地关于宅基地上建筑物高度、面积、用途等方面的规定，同时已经获得了相关部门的审批或备案，那么这种建设行为通常是合法的。
- 法律依据：虽然具体的宅基地使用规定可能因地区而异，但通常都会包含在《土地管理法》及地方性法规或规章中。这些法规会明确宅基地的使用范围、审批程序以及违法建设的法律责任。
若棚子建设违反宅基地使用规划或未经审批：
- 如果建设的棚子超出了宅基地的使用范围，或者未按照当地规定进行审批就擅自建设，那么这种行为就可能构成违法。违法建设可能面临被责令拆除、罚款等法律后果。
- 具体情形：例如，棚子建设占用了公共道路、绿地或其他村民的宅基地；或者棚子建设高度、面积超过了当地规定的标准；又或者未经相关部门审批就擅自开工建设等。
- 法律依据：同样依据《土地管理法》及地方性法规或规章，违法建设者可能需要承担相应的法律责任，包括拆除违法建筑、恢复原状以及缴纳罚款等。
特殊情况下的考虑：
- 如果棚子建设是为了满足农业生产或农村生活的实际需要，且对周边环境、他人权益等无不良影响，那么在某些情况下，相关部门可能会给予一定的宽容或指导，而不是直接认定为违法。但这并不意味着可以随意建设，仍需遵循一定的程序和规定。
建议：
- 在建设棚子之前，最好先了解当地关于宅基地使用的具体规定和审批流程。
- 如果不确定自己的建设行为是否合法，可以向当地村委会、乡镇政府或土地管理部门咨询并寻求指导。
- 如果已经建设了棚子但担心其合法性，可以主动向相关部门申报并接受审查，以避免可能的法律风险。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。