在农村自建房的院子里搭棚是否违法，需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
合法情况：
- 若搭建的棚子已经获得了地方城乡规划部门的批准，即该搭建行为构成了合法建筑，那么在农村自建房的院子里搭棚就是合法的。
- 若搭建行为符合当地宅基地管理规定及乡村建设规划，且履行了申请、审核、批准等流程，那么搭棚也是合法的。
违法情况：
- 若未经审批擅自搭建，且搭建行为违反了《城乡规划法》等相关法律法规，那么该棚子就可能被认定为违法建筑。例如，搭建超出了宅基地使用范围，占用了公共区域或农用地；或者改变了土地用途，将原本用于居住的宅基地违规搭建成经营性的大棚等。
- 即使在家居自用土地上自行建立棚屋，若未严格遵守相关法律规定，也可能因疏忽而被判定为违法建筑。
在实践中，不同地区对于农村自建房及附属设施的管理规定存在差异。一些地方管理较为宽松，在不影响公共利益和他人权益的前提下，可能允许搭建简易的生活辅助性棚子；而有些地方管理严格，对搭建行为有明确规范。
因此，在决定是否在农村自建房的院子里搭棚之前，建议先了解当地的相关规定和要求，并履行合法的审批手续。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。