首先，根据您提供的信息，我理解您的情况可能是：您的林权证在有效期内，但树木被政府耕地占用，并且政府仅补偿了1000元。您想知道是否应该上诉。

结论前置：

是否上诉取决于多个因素，包括您对政府补偿的不满程度、上诉的成本与收益考量、以及您是否有足够的证据支持上诉等。以下是我从几个不同角度为您分析的建议：

1. 法律权益评估：

   • 您拥有有效的林权证，这意味着您对林地上的树木享有合法权益。
   • 政府耕地占用您的树木，应当给予合理补偿。如果补偿金额远低于您的实际损失，您有权要求更高的补偿或选择上诉。

2. 上诉成本与收益：

   • 上诉需要一定的时间、精力和金钱投入，包括律师费、诉讼费等。
   • 您需要权衡上诉的成本与可能获得的收益（如更高的补偿金额）。如果收益远大于成本，上诉可能是一个合理的选择。

3. 证据收集：

   • 在决定上诉前，请确保您已收集到足够的证据来支持您的主张，如林权证、树木被占用的照片、政府补偿的凭证等。
   • 证据的充分性和有效性对于上诉的成功至关重要。

4. 和解与协商：

   • 在上诉之前，您可以尝试与政府进行协商，表达您的不满和诉求，看是否能通过和解的方式解决争议。
   • 和解通常比上诉更快速、更经济，且能维护双方的友好关系。

5. 法律咨询：

   • 如果您对政府补偿不满且考虑上诉，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
   • 律师可以帮助您评估上诉的可行性、准备证据材料、并代表您进行诉讼。

综上所述，是否上诉需要您根据自身情况做出决定。如果您对上诉过程有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议和支持。