医院员工与公司签订的医疗事故承担比例协议，其法律效力需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
协议内容合法性：
- 如果协议内容符合法律法规的规定，没有违反法律、行政法规的强制性规定，也没有违背公序良俗，那么该协议在法律上是有效的。这意味着，如果医院员工与公司签订的协议中，关于医疗事故承担比例的约定是双方真实意思的表示，且没有损害国家、集体或第三人的利益，那么该约定是有效的。
员工身份与协议关系：
- 医院员工与公司签订协议时，需要明确员工的身份。如果员工是医院的正式职工，且协议内容涉及员工在工作过程中因医疗事故应承担的责任，那么该协议可能受到《劳动合同法》等相关法律法规的调整。在这种情况下，协议中的承担比例约定需要符合法律法规的规定，不能过分加重员工的责任。
- 如果员工并非医院的正式职工，而是以其他形式（如承包、合作等）与医院或公司建立关系，那么协议的法律效力将更多地取决于双方之间的约定以及相关法律法规的规定。
医疗事故责任认定：
- 医疗事故的责任认定是一个复杂的过程，需要综合考虑多种因素，如医疗行为是否符合规范、是否存在过错、过错与损害结果之间的因果关系等。因此，即使医院员工与公司签订了关于医疗事故承担比例的协议，也不能直接依据该协议来确定责任。在发生医疗事故后，仍然需要进行专业的责任认定，以确定各方应承担的责任比例。
协议的实际履行与争议解决：
- 即使协议在法律上是有效的，但在实际履行过程中也可能出现争议。例如，一方可能认为另一方没有按照协议约定履行义务，或者对协议中的某些条款存在理解上的分歧。在这种情况下，双方可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来解决争议。
法律建议：
- 在签订类似协议时，建议医院员工与公司双方都应充分了解协议内容，确保协议条款的合法性和合理性。
- 如果对协议条款存在疑问或不确定，建议咨询专业律师或法律机构，以获取专业的法律意见。
- 在发生医疗事故后，应及时进行责任认定，并依据相关法律法规和协议约定来处理争议。
可能后果：
- 如果协议内容违法或违背公序良俗，那么该协议可能被认定为无效，双方将无法依据该协议来主张权利或承担义务。
- 如果协议内容合法但实际履行过程中出现争议，双方可能需要通过法律途径来解决争议，这可能会耗费大量的时间和精力。
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