运输公司与挂靠人合伙发工资的区别，主要在于工资发放的主体、责任承担以及法律关系等方面存在不同。以下是对这些区别的详细分析：

1. 工资发放主体：

   • 运输公司直接发工资：在这种情况下，运输公司是工资的直接支付者，与员工之间形成直接的劳动关系。运输公司需按照劳动合同的约定，按时足额支付员工工资，并承担相应的法律责任。
   • 运输公司与挂靠人合伙发工资：这通常意味着运输公司与挂靠人之间存在某种合作或合伙关系，工资可能由双方共同支付或按约定比例分担。此时，员工可能同时与运输公司和挂靠人存在某种法律关系，但具体关系需根据实际情况和合同约定来确定。

2. 责任承担：

   • 运输公司直接发工资：运输公司作为工资支付者，需承担工资支付的全部责任。如果运输公司未按时足额支付工资，员工有权要求运输公司支付工资、加班费、经济补偿等，并可能通过法律途径维护自己的权益。
   • 运输公司与挂靠人合伙发工资：在这种情况下，责任承担可能更为复杂。如果运输公司和挂靠人之间有明确的约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方可能按照约定分担责任。但如果约定不明确或违反法律法规，那么运输公司和挂靠人可能需要共同承担责任，甚至可能面临法律制裁。

3. 法律关系：

   • 运输公司直接发工资：员工与运输公司之间形成直接的劳动关系，受《劳动法》、《劳动合同法》等法律法规的调整和保护。
   • 运输公司与挂靠人合伙发工资：员工与运输公司、挂靠人之间的法律关系可能更为复杂。如果员工与运输公司签订了劳动合同，那么员工与运输公司之间形成劳动关系；如果员工与挂靠人之间存在某种协议或约定，那么员工与挂靠人之间可能形成另一种法律关系。这种复杂的法律关系可能导致在工资支付、工伤赔偿等方面出现纠纷时，处理起来更为困难。

建议与风险提示：

• 对于运输公司而言，如果选择与挂靠人合伙发工资，应明确双方的权利义务关系，签订详细的合作协议或合伙协议，并在协议中明确工资支付的责任分担、争议解决方式等条款。
• 对于员工而言，在与运输公司或挂靠人建立劳动关系时，应仔细阅读劳动合同或相关协议，了解自己的权利和义务。如果遇到工资支付问题或工伤赔偿问题，应及时咨询专业律师，通过法律途径维护自己的权益。

后续行动建议：

如果您是运输公司或挂靠人，正在考虑合伙发工资的方式，或者您是员工，对工资支付问题存在疑问，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。