中标通知书发出后，甲方在特定条件下仍可能质疑投标资料，但质疑的合法性和有效性取决于质疑的时间、理由及是否符合法定程序。以下从不同角度详细分析：

1. 质疑的合法性基础

• 法定质疑期：根据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例，甲方（招标人）对投标文件的质疑通常应在评标阶段或中标候选人公示期间提出。若在中标通知书发出后才发现重大问题（如投标资料虚假、串标等），甲方仍可质疑，但需满足以下条件：
  • 问题性质严重：如涉及违法犯罪（如伪造资质、行贿等），甲方可向监管部门举报或通过法律途径主张权利。
  • 未超过异议期：若招标文件明确规定了异议期（如中标公示期），甲方需在期限内提出质疑，否则可能丧失权利。
• 合同效力影响：中标通知书发出后，招标人与中标人原则上已形成“预约合同”关系。若甲方无正当理由质疑投标资料，可能构成违约，需承担缔约过失责任。

2. 质疑的常见情形及后果

• 情形一：投标资料存在实质性错误
  • 示例：中标人提交的资质证书已过期，或关键技术参数不满足招标要求。
  • 后果：甲方可要求中标人澄清或补正资料。若中标人无法提供合法证明，甲方有权取消其中标资格，并依据《招标投标法》第45条追究其责任。
• 情形二：发现串标、围标等违法行为
  • 示例：通过调查发现中标人与其他投标人存在关联关系，或报价存在规律性差异。
  • 后果：甲方可向行政监督部门投诉，由监管部门调查后作出处罚（如罚款、列入黑名单等）。若合同已签订，甲方可主张合同无效或撤销。
• 情形三：甲方自身原因导致质疑
  • 示例：甲方因内部决策延迟未在中标前完成资料审核，事后反悔。
  • 后果：甲方需承担违约责任，包括赔偿中标人因准备合同产生的损失（如差旅费、履约保证金利息等）。

3. 法律建议

• 对甲方：
  1. 严格审核投标资料：在中标通知书发出前完成所有质疑程序，避免事后纠纷。
  2. 保留证据：若发现投标资料问题，及时固定证据（如公证、第三方鉴定），并通过书面形式提出质疑。
  3. 咨询律师：涉及复杂法律问题（如合同效力、赔偿范围）时，应立即联系专业律师评估风险。
• 对中标人：
  1. 确保资料真实合法：提交前自行核查资质、业绩等关键信息，避免因虚假资料被取消资格。
  2. 及时回应质疑：若甲方提出质疑，应在法定期限内提供澄清材料，避免被认定为默认问题存在。

4. 特殊情形：合同已签订后的质疑

• 若中标通知书发出后双方已签订合同，甲方质疑投标资料的难度显著增加。此时需满足《民法典》第147-151条规定的撤销事由（如欺诈、胁迫、重大误解等），方可主张合同无效或变更。

总结：中标通知书发出后，甲方的质疑权受严格限制，但并非完全丧失。具体能否质疑需结合问题性质、时间节点及法定程序综合判断。建议双方在招标过程中严格遵守法律规定，必要时通过法律途径解决争议。如有进一步问题，可直接向我咨询。