结论：在劳务报酬和工资薪金都扣除了5000元减除费用的情况下，这通常是不符合税法规定的。具体处理方式需根据实际情况来判断，以下是从不同角度给出的详细分析。
一、税法规定背景
根据《中华人民共和国个人所得税法》及其相关规定，工资薪金所得和劳务报酬所得是两种不同的所得类型，它们在计算个人所得税时有着不同的处理方式。工资薪金所得通常按月预扣预缴个人所得税，而劳务报酬所得则可能按次或者按月预扣预缴，具体取决于纳税义务的发生频率和金额。在计算应纳税所得额时，工资薪金所得和劳务报酬所得都可以享受一定的减除费用，但这一减除费用在两种所得类型中通常是不能重复扣除的。
二、可能的情况分析
误扣情况：
- 如果在实际操作中，工资薪金和劳务报酬都扣除了5000元的减除费用，这很可能是误扣。在这种情况下，纳税人应及时与扣缴义务人（如雇主或支付劳务报酬的单位）沟通，说明情况并要求更正。
特殊情况下的合法扣除：
- 在某些特殊情况下，如纳税人同时从多处取得工资薪金所得，且每月收入总额超过5000元，那么每处取得的工资薪金所得在计算个人所得税时，可能仍然只能扣除一次5000元的减除费用（实际是通过综合所得年度汇算来调整）。但这并不意味着劳务报酬也可以再扣除5000元。
- 对于劳务报酬，如果纳税人同时有多笔劳务报酬收入，每笔收入在计算应纳税所得额时，通常是根据该笔收入的金额来单独计算，并可能享受一定的费用减除（如每次收入不超过4000元的，减除费用按800元计算；每次收入4000元以上的，减除费用按收入的20%计算），但并不是扣除5000元。
年度汇算时的调整：
- 如果纳税人在年度内既有工资薪金所得又有劳务报酬所得，且在预扣预缴时都扣除了减除费用（尽管这通常是不允许的），那么在年度汇算时，纳税人需要根据综合所得来计算应纳税额，并可能需要进行补税或退税。在这种情况下，多扣的减除费用将会在年度汇算时得到调整。
三、法律建议
及时沟通：
- 如果发现工资薪金和劳务报酬都扣除了5000元的减除费用，纳税人应及时与扣缴义务人沟通，说明情况并要求更正预扣预缴税款。
保留证据：
- 纳税人应保留好相关的收入证明和扣税凭证，以便在需要时进行查证和申诉。
关注年度汇算：
- 纳税人应关注年度汇算的时间节点和要求，及时办理年度汇算手续，确保税款的准确缴纳。
咨询专业人士：
- 如果纳税人对税法的规定或个人所得税的计算有疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况给出专业的法律建议。
四、可能的法律后果
如果纳税人或扣缴义务人故意违反税法规定，重复扣除减除费用以少缴税款，那么可能会面临税务机关的处罚，包括补缴税款、加收滞纳金以及可能的罚款等。因此，建议纳税人和扣缴义务人严格遵守税法规定，确保税款的准确缴纳。