针对“内部调查员工不发工资怎么处理”这一问题，核心在于明确用人单位在内部调查期间是否有权不发工资，以及员工应如何维权。以下是具体分析和建议：

1. 内部调查期间，用人单位无权单方面停发工资
   根据《劳动合同法》第三十条及《工资支付暂行规定》，用人单位必须按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。内部调查本身并非法定扣减工资的理由，除非员工存在以下情形之一：

   • 被依法追究刑事责任（如被刑事拘留）；
     
   • 严重违反用人单位规章制度（需经民主程序制定并公示，且员工行为达到“严重”程度）；
     
   • 因员工过错给用人单位造成重大损失（需举证损失与员工行为的直接因果关系）。
     若用人单位仅以“内部调查”为由停发工资，属于违法行为。

2. 员工可采取的维权步骤

   • 第一步：与用人单位协商
     要求用人单位出具书面说明，明确停发工资的具体理由及依据。若用人单位无法提供合法理由，可要求立即补发工资并支付拖欠期间的赔偿（如按应付金额50%-100%加付赔偿金，需通过劳动监察或仲裁主张）。
     
   • 第二步：向劳动监察部门投诉
     若协商无果，可向用人单位所在地的劳动保障监察大队投诉（可通过“全国根治欠薪线索反映平台”在线提交）。劳动监察部门有权责令用人单位限期支付工资，逾期不支付的可加付赔偿金。
     
   • 第三步：申请劳动仲裁
     若投诉后仍未解决，可向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张：
     
     • 补发工资及加付赔偿金；
       
     • 解除劳动合同并要求经济补偿（若因拖欠工资被迫离职）；
       
     • 其他合法权益（如未休年假工资、加班费等）。
       
   • 第四步：提起诉讼
     对仲裁结果不服的，可在收到裁决书之日起15日内向法院起诉。

3. 特殊情形：内部调查与工资扣减的合法边界

   • 若调查涉及员工涉嫌职务侵占、贪污等刑事犯罪，用人单位可配合公安机关调查，但仍需支付基本工资（除非员工被刑事拘留或逮捕）。
     
   • 若调查发现员工存在轻微违规（如迟到、旷工），用人单位可依据规章制度扣减绩效工资，但需满足：
     
     • 规章制度经民主程序制定并公示；
       
     • 扣减金额不超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准。

行动建议：

1. 立即收集证据（劳动合同、工资条、考勤记录、内部调查通知等）；
   
2. 通过书面形式（邮件、微信）向用人单位提出异议，保留沟通记录；
   
3. 根据用人单位反应，选择投诉、仲裁或诉讼途径维权。
   

若需进一步分析具体案情或协助起草法律文书，可直接向我咨询。