跨省异地交通罚款不能用来清欠工程款。以下是具体分析：

1. 法律性质不同：交通罚款是行政机关对违反交通管理法规的行为人作出的行政处罚，其目的是为了维护交通秩序，保障公共安全，具有强制性和惩罚性。而工程款是建设工程施工合同中，发包人应支付给承包人的合同价款，属于民事合同范畴，是承包人完成工程建设后应得的报酬。两者在法律性质上完全不同，不能相互抵销或替代。

2. 资金用途不同：交通罚款收入属于国家财政收入的一部分，必须按照国家规定上缴国库，用于公共事业和公共服务，不能挪作他用。而工程款是承包人的合法收入，应用于支付工人工资、材料款、设备租赁费等与工程建设相关的费用，以及承包人的合理利润。将交通罚款用于清欠工程款，不仅违反了财政资金的管理规定，也损害了承包人的合法权益。

3. 法律程序不同：如果发包人拖欠工程款，承包人可以通过法律途径追讨，如向法院提起诉讼或申请仲裁，要求发包人支付工程款及可能的违约金、利息等。而交通罚款的缴纳是行政处罚的执行程序，与民事合同纠纷的解决程序完全不同。两者不能混为一谈。

建议：如果您面临工程款被拖欠的问题，建议您及时收集相关证据，如施工合同、工程验收单、结算单等，通过法律途径维护自己的合法权益。如果您对具体的法律程序或证据收集有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。