九十年代的房子没有房产证，其面积是否算合法面积，不能一概而论，需要分情况讨论：
历史遗留问题导致的无证情况：
- 在九十年代，由于历史原因和制度的不完善，部分房屋可能确实存在未办理房产证的情况。这类房屋如果符合当时的规划、建设等相关规定，且后续因政策、历史遗留问题等一直未能办理房产证，其面积在法律上通常是被认可的，可以视为合法面积。但需要注意的是，这类房屋在交易、继承等过程中可能会遇到一些法律障碍，因为缺乏房产证作为权属证明。
- 建议：对于这类房屋，建议尽快咨询当地相关部门，了解补办房产证的具体流程和要求，以便完善房屋的权属证明。
违规建设导致的无证情况：
- 如果九十年代的房子是因为违规建设（如未经批准擅自建设、超出批准范围建设等）而未能办理房产证，那么其面积在法律上是不被认可的，属于非法面积。这类房屋可能面临被拆除、罚款等法律风险。
- 建议：对于这类房屋，建议尽快与相关部门沟通，了解违规建设的具体情况和可能的法律后果，并考虑采取补救措施（如补办相关手续、缴纳罚款等）以降低法律风险。
其他特殊情况：
- 还有一些特殊情况，如房屋因继承、赠与等法律行为而转移，但原房产证未及时办理变更登记；或者房屋因拆迁、改造等原因导致原房产证失效，但新房产证尚未办理等。这些情况下，房屋的面积是否合法需要根据具体情况和法律规定来判断。
- 建议：对于这类特殊情况，建议咨询专业律师或相关部门，了解具体的法律程序和要求，以便妥善处理房屋的权属问题。
额外提醒：
- 房产证是房屋权属的重要证明文件，对于房屋的交易、继承、抵押等法律行为都具有重要意义。因此，无论房屋建于何时，都应尽量确保办理房产证并妥善保管。
- 如果房屋确实存在无证情况，且无法补办房产证，那么在处理房屋相关法律事务时可能会面临一些困难。此时，建议咨询专业律师，了解具体的法律风险和应对策略。
总结：九十年代的房子没有房产证，其面积是否合法需要根据具体情况和法律规定来判断。如果房屋符合当时的规划、建设等相关规定，且因历史遗留问题等一直未能办理房产证，其面积通常是被认可的；但如果房屋是违规建设或存在其他特殊情况，则其面积可能不被认可。在处理这类问题时，建议咨询专业律师或相关部门以获取准确的法律意见。