合同争议解决条款选择仲裁和诉讼（你所说的“公诉”应为“诉讼”）的主要区别体现在以下几个方面：

1. 管辖依据与机构性质：

   • 仲裁：基于双方自愿达成的仲裁协议，由民间的仲裁机构处理。这意味着，如果合同中没有明确的仲裁条款，或者仲裁条款无效，那么仲裁机构将不会受理该纠纷。仲裁机构的选择也完全取决于双方的约定，具有较大的灵活性。
   • 诉讼：依据法律规定确定管辖法院，由国家司法机关（法院）主导。无论合同中是否有约定，只要符合法律规定的管辖条件，法院都有权受理该纠纷。诉讼具有强制力和权威性，是维护法律秩序和公平正义的重要手段。

2. 审理程序与严格程度：

   • 仲裁：程序相对简便，处理速度更快。当事人可以在一定程度上约定程序规则，如仲裁员的选择、开庭时间等，这有助于高效解决争议。仲裁程序更加注重当事人的意思自治，适应性强。
   • 诉讼：程序非常严格，必须按照法定流程进行，包括起诉、受理、审理、判决等环节。诉讼程序确保了公正性和透明度，但也可能因为程序繁琐而导致处理时间较长。

3. 保密性与公开性：

   • 仲裁：一般不公开进行，有利于保护当事人的商业秘密和商业信誉。这对于涉及商业秘密或需要保密处理的纠纷尤为重要。
   • 诉讼：原则上公开进行，但涉及特定情形（如国家秘密、个人隐私等）可不公开。诉讼的公开性有助于维护司法公正和透明度，但也可能对当事人的商业活动产生不利影响。

4. 终局性与上诉机制：

   • 仲裁：实行一裁终局制，裁决作出后，同一纠纷不得再申请仲裁或向法院起诉。这意味着仲裁裁决具有终局性，当事人必须接受并履行裁决结果。
   • 诉讼：实行两审终审制，对一审判决不服可上诉，二审判决为终审判决；特殊情况下可申请再审。诉讼提供了更多的救济途径，但也可能因为上诉程序而导致处理时间延长。

5. 费用与成本：

   • 仲裁：费用相对较高，包括仲裁费、仲裁员报酬等。仲裁费用通常根据争议金额按一定比例收取，且可能因多种因素而有所不同。
   • 诉讼：诉讼费用相对固定，按法定比例收取，还可能涉及其他实际支出（如鉴定费、公告费等）。但总体来说，诉讼费用相对较低，且部分费用可由败诉方承担。

6. 执行力度：

   • 仲裁：裁决需通过法院申请强制执行，依赖于法院的司法强制力。虽然仲裁裁决具有法律效力，但执行过程中仍需要法院的支持和配合。
   • 诉讼：生效判决具有直接强制执行力，法院可采取多种措施强制执行。诉讼判决的执行力度相对较强，有助于维护当事人的合法权益。

选择建议：

• 若追求快速解决且需保护商业秘密：仲裁可能是更优选择。仲裁程序简便、处理速度快，且保密性强，有助于高效解决争议并保护当事人的商业秘密。
• 若看重权威性和直接执行力：诉讼可能更为适宜。法院作出的生效判决具有直接的强制执行力，执行力度相对较强，有助于维护当事人的合法权益。
• 若对费用敏感或担心执行问题：诉讼可能更合适。诉讼费用相对较低，且国内执行体系完善，有利于判决的执行。
• 若双方关系融洽且希望自主选择解决方式：仲裁尊重当事人意思自治，适合希望自主选择解决方式的当事人。

结论：

在选择合同争议解决条款时，应综合考虑争议性质、时间成本、费用预算以及个人意愿等因素。若追求快速、私密且专业的解决方式，且双方均愿意遵守仲裁协议，则仲裁可能是更佳选择；若注重程序的严谨性、公正性以及强制执行力，并希望通过公开审判对对方形成压力，则诉讼可能更为合适。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。