结论：在破产案件中，若建设工程款优先权未全额清偿，剩余部分通常按普通债权处理。但具体还需结合工程款优先权的行使情况、破产财产状况及法律规定综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、工程款优先权的法律依据与性质
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第八百零七条的规定，发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。若发包人逾期不支付，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以请求人民法院将该工程依法拍卖，并就工程折价或者拍卖的价款优先受偿。这表明工程款债权在一定条件下具有优先受偿性。
优先权性质：
- 工程款优先权属于法定优先权，其设立旨在保护承包人的合法权益，确保工程款能够得到优先清偿，从而维护建筑市场的稳定和公平。
二、破产清算中的债权清偿顺序
法定清偿顺序：
- 在破产清算中，债权的清偿顺序通常由法律明确规定。一般来说，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，会依照特定顺序清偿各类债权。
工程款债权的优先级：
- 工程款债权，在破产清算中，通常优先于普通债权受偿。但需注意，这种优先权是相对的，排在法定优先债权（如职工工资、社会保险费用及税款）之后。若工程款优先权得到确认，且破产财产足以清偿该优先权，则工程款债权将得到全额清偿。
三、工程款优先权未全额清偿的情况
破产财产不足：
- 若破产财产不足以清偿所有优先债权，包括工程款优先权，则工程款债权可能无法得到全额清偿。此时，剩余部分将按普通债权处理，与其他普通债权人按比例分配剩余破产财产。
优先权行使期限：
- 承包人应在合理期限内行使建设工程价款优先受偿权，最长不得超过十八个月，自发包人应当给付建设工程价款之日起算。若超过此期限未行使优先权，则可能丧失优先受偿的权利，剩余工程款将按普通债权处理。
四、影响工程款债权优先级的因素及建议
法律规定：
- 不同地区的法律规定可能存在差异，影响工程款债权的优先级。因此，在处理具体案件时，应详细查阅并适用相关地区的法律规定。
债权性质与证据：
- 工程款债权的性质（如是否包含工人工资等实际支出费用）以及提供的证据充分性，也会影响其优先级。承包人应确保提供的工程款相关证据充分、有效，以便在破产清算过程中得到法院的支持和认可。
实际操作建议：
- 及时行使优先权：承包人应在法定期限内及时行使建设工程价款优先受偿权，以确保自身权益得到最大保护。
- 充分准备证据：在行使优先权时，承包人应准备充分的证据材料，包括工程合同、付款凭证、催告通知等，以证明工程款债权的存在和金额。
- 关注破产程序进展：承包人应密切关注破产程序的进展情况，及时了解破产财产的分配方案，以便在必要时采取法律措施维护自身权益。
总结：在破产案件中，若建设工程款优先权未全额清偿，剩余部分通常按普通债权处理。但具体还需结合工程款优先权的行使情况、破产财产状况及法律规定综合判断。承包人应及时行使优先权、充分准备证据，并关注破产程序进展，以确保自身权益得到最大保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。