结论：协议复印件是可以盖章的，但盖章后的法律效力及具体作用需结合使用场景和需求来判断。
一、协议复印件盖章的法律基础与效力
法律效力基础：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的订立可以采用书面形式，且书面形式包括合同书等有形表现所载内容的形式。这意味着，只要协议复印件的内容与原件一致，且原件本身具有法律效力，那么复印件在形式上也是合法的。
盖章的作用：
- 盖章在协议复印件上主要起到证明复印件与原件之间关联性的作用，增强复印件的真实性和有效性。特别是在需要对外提供或作为重要证据时，盖章可以作为一种确认手段，表明该复印件是经过相关方认可的。
二、不同场景下协议复印件盖章的具体作用
日常业务留存备份：
- 对于企业或个人自己留存协议复印件作为内部业务资料备份等用途时，是否盖章通常没有强制要求。这种情况下，盖章主要不是为了增强法律效力，而是为了方便日后查阅和参考相关协议内容。但即便如此，如果条件允许，盖章也可以作为一种额外的确认手段。
对外提供或作为重要证据：
- 当需要将协议复印件提供给第三方（如政府部门备案、合作伙伴展示）或作为重要证据提交给法院或其他机构时，建议在复印件上盖章。这样做可以：
- 明确复印件与原件之间的关联性，减少对方对复印件真实性的质疑；
- 增强复印件的证明力，使其在法律程序中更容易被采信；
- 满足对方或相关业务规定的要求，避免因形式问题而导致的纠纷。
特殊情况下的效力等同：
- 在某些特殊情况下，如协议原件备案于政府部门且后续使用时由相关部门提供加盖公章的复印件，该复印件在特定范围内可视为与原件具有同等效力。此外，如果双方在协议中明确约定复印件盖章与原件具有同等效力，且不违反法律法规强制性规定，则该约定也是有效的。
三、注意事项与风险提示
确保内容一致：
- 在使用协议复印件时，应严格确保其内容与原件完全一致，避免出现任何更改、涂改或添加内容的情况。否则，即使盖章也可能无法证明复印件的真实性和有效性。
妥善保管原件：
- 应妥善保管协议原件，以避免丢失或无法提供的情况发生。如果原件确实丢失或无法提供，应尽快与协议相对方沟通，并寻求法律专业人士的帮助以保护自身权益。
盖章的清晰与有效：
- 如果决定在协议复印件上盖章，应确保所盖印章清晰、有效，并最好注明“与原件核对无误”以进一步明确其法律地位。同时，应避免使用模糊、无效或伪造的印章，以免引发不必要的法律纠纷。
总结：协议复印件是可以盖章的，且盖章可以在一定程度上增强其证明力和可信度。但具体是否需要盖章以及盖章后的法律效力需结合使用场景和需求来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。