在医疗纠纷中双方达成和解后，已立案的案件可以通过以下两种方式处理：

1. 向法院申请撤诉
   若双方已签订书面和解协议且履行完毕，原告（患者或家属）可主动向法院提交《撤诉申请书》，说明双方已达成和解并履行完毕，请求法院裁定终结诉讼程序。法院审查后会出具《民事裁定书》准许撤诉，案件即告终结。
   法律依据：根据《民事诉讼法》第148条，宣判前原告申请撤诉的，法院应审查是否损害国家、集体或他人利益，若无则准许撤诉。

2. 请求法院出具调解书
   若双方希望和解协议具有强制执行力，可向法院申请制作《民事调解书》。法院会审查协议内容是否合法、自愿，确认后出具调解书，其效力等同于判决书，一方不履行时另一方可直接申请强制执行。
   法律依据：根据《民事诉讼法》第97条，调解达成协议后，法院应制作调解书，调解书经双方签收后即具有法律效力。

注意事项：

• 若案件已进入审理阶段，撤诉或调解需在法庭辩论终结前提出；
  
• 和解协议中建议明确约定履行期限、违约责任及争议解决方式，避免后续纠纷；
  
• 若涉及医疗损害赔偿，和解金额可参考《医疗事故处理条例》或当地司法实践标准，确保公平合理。

建议：
若您已与医疗机构达成和解，可携带和解协议、立案通知书等材料联系承办法官，根据实际情况选择撤诉或调解程序。如有疑问，可进一步向我咨询具体操作流程。