结论：市监部门在收到药品过期线索但药品已被销毁的情况下，仍然有可能进行处罚，但具体是否处罚及处罚的力度会受到多种因素的影响。

分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，销售过期药品属于违法行为，市监部门有权对此进行查处。该法律并未明确规定，在药品被销毁后，市监部门就不得进行处罚。

2. 证据收集：

   • 尽管药品已被销毁，但市监部门仍可能通过其他方式收集证据，如检查销售记录、询问相关人员、调取监控录像等，以证明销售过期药品的事实存在。
   • 如果市监部门能够收集到足够的证据，证明销售过期药品的行为确实发生，那么即使药品已被销毁，也不影响其进行处罚。

3. 处罚的考量因素：

   • 市监部门在决定是否处罚及处罚的力度时，会综合考虑多种因素，如违法行为的性质、情节、后果以及当事人的主观过错等。
   • 如果销售过期药品的行为情节轻微，且当事人能够积极配合调查、主动消除或减轻危害后果，市监部门可能会酌情减轻或免除处罚。
   • 反之，如果销售过期药品的行为情节严重，造成了较大的社会危害，或者当事人拒不配合调查、逃避处罚，市监部门则可能会依法从重处罚。

4. 实际案例参考：

   • 在实际执法中，确实存在即使药品已被销毁，市监部门仍然对销售过期药品的行为进行处罚的案例。这进一步说明了，药品是否被销毁并不是决定是否处罚的唯一因素。

建议：

• 如果您或您的企业涉及销售过期药品的问题，即使药品已被销毁，也应积极配合市监部门的调查，如实说明情况，提供相关证据。
• 同时，您也可以咨询专业律师（如我），了解具体的法律责任和可能的处罚后果，以便更好地应对和解决问题。

后续行动：

• 如果您对市监部门的处罚决定有异议，可以在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
• 在此过程中，您也可以继续向我咨询相关法律问题，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。